도시에서 시골 친척집으로 이사온 후 지루한 일상을 보내던 소녀 메리는 어느 날, 길 잃은 고양이를 따라갔다가 신비로운 숲을 발견한다. 그 곳에서 7년에 한 번 밖에 피지 않는 비밀스러운 마녀의 꽃 '야간비행'과 마법으로 봉인된 낡은 빗자루를 발견하는 메리. '야간비행'을 통해 메리는 마법의 힘을 얻고, 낯선 마법세계에 도착한다. 그러나 마녀의 꽃 '야간비행'의 비밀이 서서히 드러나면서 메리는 위기에 처하게 되는데... 평범한 소녀 메리의 환상적인 모험 가슴 뛰는 마법이 시작된다!

매들린은 파리의 기숙학교에서 지내는 항상 밝은 웃음을 간직하고 사는 귀여운 고아 소녀이다. 어느날 옆집에 스페인 대사 부부가 이사오고, 작은 오토바이를 타는 대사 아들 페피토를 알게 된다. 상냥한 클라벨 수녀님은 매들린과 꼬마 친구들에게 노래도 같이 부르고 요리도 같이 하면서 친구처럼 보살펴 준다. 어느날 대사 아들 페피토를 납치하려는 서커스단의 음모로 위험에 빠지는 아이들..

서기 2049년, 10대 제논은 궤도 우주 정거장에서 가족들과 행복하게 살고 있다. 하지만 호기심 때문에 사고를 치면서 벌로 지구에 보내지고 새로운 곳에 적응하는 법을 배워 나간다. 그러던 중 우주 정거장을 파괴하려는 사악한 음모를 발견한 제논, 악당의 음모를 물리치느냐 마느냐는 이제 제논과 친구들의 손에 달려있다.

바스티앙(Bastian Bux: 조나단 브랜디스 분)은 아버지와 둘이 사는 겁많은 소년으로 겁먹고 다이빙을 못해서 수영팀이 되지 못한다. '끝없는 이야기'라는 책의 세계로 다시 가게된 바스티앙은 위험에 빠진 환타지아를 구하려 하고 그러기 위해 이름을 찾아 소년 전사 아트레이유(Atreyu: 케니 모리슨 분)와 나르는 용 펠코와 함께 떠난다. 마녀 자이드(Xayide: 클레어리사 버트 분)는 환타지아가 인간들의 꿈으로 존재함을 이용. 바스티앙의 기억을 없앰으로써 결국에는 자신의 임무조차 망각하게 만들려 한다. 이름은 찾았지만 자신의 실수로 아트레이유가 위험에 처하자 바스티앙은 마녀의 음모를 깨닫고 마지막 소원을 지혜롭게 활용하여 마녀를 소멸시킨다. 바스티앙의 아버지 바니(Barney Bux: 존 웨슬리 쉽프 분)는 아들을 찾다가 집에서 '끝없는 이야기' 책을 읽으며 아들을 응원하고 바스티앙은 아버지의 목소리를 듣고 용기를 발휘하여 모험을 끝내고 집으로 돌아온다.