雪が降りしきる中で馬を失った賞金稼ぎマーキスは、同業であるジョンと彼が捕らえたデイジーを乗せた駅馬車に同乗する。途中で保安官を名乗るクリスを拾った馬車は、猛吹雪から避難するためにミニーの紳士洋品店へ。メキシコ人の店番ボブや怪しげな絞首刑執行人オズワルドなどの存在にジョンが強い警戒心を抱く中で事件が起こる。

T-ウイルスは世界中に蔓延し、遂に東京でも感染者が出た。そして、世界滅亡のカウントダウンが始まった。それから4年後。アンブレラ社は東京、渋谷の地下に巨大要塞を築き、アルバート･ウェスカー議長の指示の下で実験を繰り返していた。その地下要塞を、アリスが自身のクローンたちと共に襲撃。地下要塞は壊滅的なダメージを受ける。 ウェスカーは地下要塞をあっさり見限り飛行機で一人逃亡、予め仕掛けていた特殊爆弾[4]を爆破する。クローンアリスもろとも東京は地下要塞ごと壊滅した。 ウェスカーは勝利を確信するが、オリジナルのアリスは生き延びてウェスカーと同じ飛行機の中にいた。アリスはウェスカーを追い詰めるが、不意打ちを受けて取り逃がしてしまう。

とある廃校で一人の幼い少女が、四人の友達とおにごっこの最中、彼らの度を越した追い込みにより殺害される。それから数年後、そのことを秘密として誓い合った彼らは高校生となりプロムを迎えようとしていた。