銃の名手エル・トポ=モグラは、最強のガンマンになるため、息子を置き去りにして砂漠へと旅立つ。エル・トポは、砂漠に暮らす4人の銃のマスターたちを卑劣な手で倒すが、最強であることの無意味さを思い知る。チリ出身のアレハンドロ・ホドロフスキー監督が1970年に発表し、カルト的人気を誇るメキシコ・ウェスタン。

日本が津軽海峡を挟んで分割占領された戦後世界。 1996年、北海道は「ユニオン」に占領され、「蝦夷」と名前を変えていた。「ユニオンの塔」と呼ばれる塔を建設し、その存在はアメリカとユニオンの間に軍事的緊張をもたらしていた。青森に住む中学3年生の藤沢浩紀と白川拓也は、飛行機を自力で組立て、そこまで飛ぶことを夢見ていた。また2人は同級生の沢渡佐由理に恋心を抱いており、いつの日にか自分たちの飛行機で、佐由理を塔まで連れて行くことを約束する。しかし、佐由理は何の連絡も無いまま姿を消し、浩紀は東京、拓也は地元の高校へ進学し、彼女が消えた喪失感を埋め合わせるように日々を送る生活が続いた。

妻子を殺され、いまだ犯人が捕まらないニューヨーク市警の刑事マックス・ペインは、単独で捜査を続けていた。そんなある時、ドラッグ中毒の女性ナターシャが殺害される事件が発生し、マックスは妻子の事件と共通点があることを発見するが……。