Leo og Remi er bedste venner og bruger de fleste af døgnets timer sammen. Et nyt skoleår står for døren, og de to 13-årige drenge skal starte i en ny klasse. Særligt Leo bemærker, at klassekammeraterne antyder, at Leo og Remi nok er mere end venner - man kan se det på deres blik for hinanden, siger de. Kommentarerne påvirker Leo, og han vender langsomt blikket væk fra Remi. En beslutning, der får fatale følger.

Den livsglade familien Ekdahl fejrer en forrygende jul med forældre, bedsteforældre, muntre onkler og tanter og ikke mindst familiens mindste, Fanny og Alexander. Men snart oplever familien en stor sorg, som samtidig får afgørende indflydelse på Fanny og Alexander's fremtid.