地球温暖化を防ぐため散布された薬品により氷河期になった2031年の地球。生き残った人類は１台の列車に乗り込み、深い雪に覆われた極寒の大地を行くあてもなく移動していた。前方車両では富裕層が以前と変わらぬ優雅な暮らしを送り、後方の一般民衆は奴隷のような扱いを受けていた。カーティスという男が立ち上がり、仲間と共に富裕層から列車を奪おうと反乱を起こす。

世界大戦による核戦争後の近未来。暴力が支配する闇と混沌の世界の中、1800年の歴史を持つ究極の暗殺拳・北斗神拳の伝承者ケンシロウは、救世主と呼ばれる道を歩み出す。一方、北斗を離れた長兄のラオウは、武力と恐怖による支配こそ、この世界に新しい秩序をもたらすと信じ、ケンシロウとは真逆の道を歩き出していた。