近未来の日本。ドッグ病が大流行するメガ崎市では、人間への感染を恐れた小林市長が、すべての犬を“犬ヶ島”に追放する。ある時、12歳の少年がたった一人で小型飛行機に乗り込み、その島に向かった。愛犬で親友のスポッツを救うためにやって来た、市長の養子で孤児のアタリだ。島で出会った勇敢で心優しい5匹の犬たちを新たな相棒とし、スポッツの探索を始めたアタリは、メガ崎の未来を左右する大人たちの陰謀へと近づいていく─。

ニューヨークのしがない泥棒ハリー・ロックハート。ある時、警察に追われていて思わず逃げ込んだのは、ハリウッド映画のオーディション会場。俳優に間違われたハリーはオーディションをパスし、探偵役のスクリーンテストのためにロサンジェルスへ。彼はそこで役作りのため、通称“ゲイ”と呼ばれている本物の私立探偵ペリーに弟子入りすることに。一方でハリーは、女優を夢みてハリウッドへやって来た幼なじみハーモニーと再会する。やがてハリーとペリーは奇怪な事件に遭遇。さらに、ハーモニーの妹も謎の自殺を遂げ、事態は混沌の度を深めていく…。

クリスマスイブの夜。サンタの存在など信じないと思い始めた少年だが、ベッドの中でトナカイの鈴の音が聞こえないかと耳をすます。真夜中近く、鈴の代わりに汽車の走る音が聞こえてくる。驚いた少年が窓を見ると、家の前に大きな蒸気機関車が走り込んでくる。玄関を飛び出した少年に、車掌はそれが北極行きの急行“ポーラー・エクスプレス”だと告げ、乗らないかと誘う。戸惑う少年だが、やがて動き始めた列車につい飛び乗る。

コラムニスト、アイクはある男の話をもとに1本の記事を書き上げる。それは何度も婚約を繰り返しては、挙式の最中に花婿を置き去りにして逃げ出すマギーという女の話。彼女を”男を食い物にする女”と切り捨てたその痛烈な記事は大反響を呼んだ。ところが、当のマギーが新聞社に抗議の手紙を送りつけたために、アイクのコラムは打ち切られてしまう。ジャーナリストの意地を賭けたアイクは彼女の住む町に乗り込み、折しも4度目の結婚式を控えるマギーの取材を開始するが…。