隅々まで探索されつくした世界に、唯一残された秘境の大穴『アビス』。どこまで続くとも知れない深く巨大なその縦穴には、奇妙奇怪な生物たちが生息し、今の人類では作りえない貴重な遺物が眠っている。「アビス」の不可思議に満ちた姿は人々を魅了し、冒険へと駆り立てた。そうして幾度も大穴に挑戦する冒険者たちは、次第に『探窟家』と呼ばれるようになっていった。アビスの縁に築かれた街『オース』に暮らす孤児のリコは、いつか母のような偉大な探窟家になり、アビスの謎を解き明かすことを夢見ていた。ある日、母・ライザの白笛が発見されたことをきっかけに、アビスの奥深くへ潜ることを決意するリコ。リコに拾われた記憶喪失のロボット・レグも自分の記憶を探しに一緒に行くことを決意する。深界四層でタマウガチの毒に苦しむリコ。リコを救ったのは成れ果てのナナチだった。ナナチを仲間に加え、ボンドルドの待つ深界五層へと三人は冒険を進める。そこで、プルシュカと名乗る女の子に出会い…

月面探査機によって捉えられた白い影のニュースを聞いたのび太は、それを“月のウサギ”だと訴え笑い者になってしまう。そこでドラえもんのひみつ道具“異説クラブメンバーズバッジ”の力を借りて、月の裏側にウサギ王国の建国を計画する。ある日転校してきた謎めいた少年ルカは、のび太たちと共にウサギ王国に行く。

すべてが朱に染まる夕暮れ、篠原重工の天才プログラマー・帆場暎一が、バビロンプロジェクトの要となるレイバー用海上プラットホーム「方舟」から投身自殺する。その口元に嘲りの笑みを浮かべながら…。これが、すべての始まりであった。 時期を同じくして、レイバーが突如暴走する事件が多発。遂には自衛隊の試作レイバーまでが無人で暴走事件を起こす。 特車二課第1小隊は、近々正式配備される新型パトレイバー（通称「零式」）に関する研修中のため不在。単独で暴走事件の処理に追われる第2小隊の篠原遊馬巡査は、多発する暴走事件の異常性にいち早く気付いて独自に調査を始め、原因が暴走した機体すべてに搭載されていた篠原重工製の最新レイバー用OS「HOS」(Hyper Operating System)ではないかと推測する。また、同様の疑念を抱いていた第2小隊長・後藤喜一警部補は、「HOS」の主任開発者だった帆場の捜査を、本庁の松井刑事に依頼していた。 遊馬の調査の結果、「HOS」が意図的に引き起こす暴走が事件の原因で、暴走の引き金が強風によって建造物から発せられる低周波音であることが明らかとなるが、知らせを受けた警視庁上層部や政府は、有力企業である篠原重工との関係やHOSを認可した国の責任問題の隠蔽を重視し、旧OSに戻すこと（公式には「HOS」のバージョンアップと称される）で政治的決着を図ろうとする。 そしてすべての謎が解明された時、大規模な暴走の引き金となる強風=台風の接近と、その台風により大音量の低周波音を発する東京湾上の浮遊建造物「方舟」を解体するため、第2小隊は「方舟」に向けて緊急出動する。

ある日、東京湾に輸送機が墜落する。その後湾岸の各所で何者かによってレイバーが襲撃される事件が連続して発生。警視庁城南署の刑事、久住と秦は各所で聞き込み捜査を進め、墜落事件の後に巨大なハゼが釣れていた事、墜落した輸送機の貨物コンテナに不審な点があることなどの奇妙で不審な点を突き止める。 その後、6月8日の雨の夜に若者の集うディスコクラブ「バビロン」で車に乗ったカップルの惨殺死体が発見される。時を同じくして近隣にあるバビロン工区の水上コンテナ備蓄基地で突如警報が作動し、停電と共に内部の職員と連絡がとれなくなる、という事態が発生。 近くを走行中のパトカー（城南4）に偶然乗っていた久住と秦は、警備員の通報を受けパトカーに乗る警官らと共に現場に急行。施設内部へと分け入る。しかし、そこで彼らが遭遇したのは廃棄物13号（WXIII）と名付けられた異形の怪物だった。

小さな田舎町で、皿洗いロボットの一家に生まれた男の子ロドニー。中古部品で作られていた彼はある日、偉大な発明家ビッグウェルド博士の“外見が何で作られていても、誰もが輝くことができる”という言葉に勇気と希望を抱く。やがて発明好きな青年へと成長したロドニーは、自分の発明品を手に、ビッグウェルド博士に会うため大都会“ロボット・シティ”へと向かった。しかし博士が社長を務める会社で門前払いにされたロドニーは、博士の姿がどこにも見当たらないことに疑問を抱く。その一方で、彼は街で知り合った愉快な中古ロボットの集団“ラスティーズ”の面々と仲良くなっていった。そんな中、彼は中古ロボットを一掃しようとする野心家の新型ロボット、ラチェットが恐ろしい計画を進めていることを知る。

人間型ロボット・レイバーの衰退を受け、ついに解隊が現実味を帯びてきた警視庁特車二課パトレイバー中隊。ある日、テロ集団が自衛隊のへリコプターを奪い去るという事件が発生する。しかも、奪われたのは機関砲、空対地ロケット、ミサイルをフル装備した上に、熱工学迷彩仕様で背景と同化ことができる最新鋭の改グレイゴーストことAH-88J2だった。都民を人質にするかのように、東京都庁やレインボーブリッジが破壊され、特車二課はパトレイバー・イングラムを稼働させる。

平和な惑星であるアキーアが、残忍なサドルの宇宙軍に征服される。シャドという若者が宇宙船で逃れ、アキーア開放のために勇敢な戦士を探し、戦いに挑む。