舞台は、15世紀のパリ。そこにあるノートルダム大聖堂の鐘楼にひっそりと暮らす鐘衝き男・カジモドは、容姿こそ醜いが、優しく純粋な心を持った青年。彼は、育ての親・フロローの言いつけで外に出る事を許されず、友人は3人組の石像だけだった。 そんなある日、町の祭で楽しく盛り上がる人々を見て、我慢出来なくなったカジモドは遂に大聖堂を飛び出した。
魔法の薬でトビウオとヒトデとクラゲにされてしまった、トビー&ステラ兄妹といとこのジェリー。彼らは人間に戻るため、3人で力を合わせて悪のサカナ帝国に立ち向かう。