トーマス・アンダーソンは、大手ソフトウェア会社に勤めるプログラマである。しかし彼には天才ハッカー、ネオというもう一つの顔があった。ある日、彼はとある人物から連絡を受け、警察に追われる。そして彼から衝撃的な世界の真実を告げられた。

数百年後の未来。スクラップの山の中から奇跡的に脳だけが無傷の状態で発見されたサイボーグの少女アリータは、サイバー医師のイド博士によって新たな体を与えられ、目を覚ます。しかし彼女は、自分の過去や今いる世界についてなど一切の記憶が失われていた。やがてアリータは、自分が300年前に失われたはずの最終兵器として作られたことを知り、そんな兵器としての彼女を破壊するため、次々と凶悪な殺人サイボーグが送り込まれてくる。アリータは、あどけない少女の外見とは裏腹の驚異的な格闘スキルをもって、迫り来る敵たちを圧倒していく。

人類の最期の砦「ザイオン」に残されたのは72時間。それを過ぎれば25万のセンチネルに襲われるだろう。しかしモーフィアスの信念は堅い。オラクルによればネオがこの戦争に終止符を打つ。一方のネオはヒントを得るためオラクルに会いに行く。

唐王朝滅亡後、王家には悪意と策謀が満ちていた。王は妃に毒の入った薬を飲ませ、妃は衰弱の一途を辿る。一方、皇太子には想いを交わす娘がいたのだが……。巨匠チャン・イーモー監督作。

昏睡状態のネオはマトリックスとソースの狭間に捕らえられていた。ネオを信じるトリニティーらは彼を救出する。一方スミスは新たな段階へと進む。その間もザイオンにはセンティネルが近づきつつあった。