1988年、アメリカ・マサチューセッツ州ミドルセックス。ある晩、高校生ドニー・ダーコの前に銀色のウサギが現われる。ドニーはウサギに導かれるようにフラフラと家を出ていく。そして、ウサギから世界の終わりを告げられた。あと28日6時間42分12秒。翌朝、ドニーはゴルフ場で目を覚ます。腕には「28.06.42.12」の文字。帰宅してみるとそこには、ジェット機のエンジンが落下していてドニーの部屋を直撃していた。何がなんだか分からないながら九死に一生を得たドニー。その日から彼の周囲では、不可解な出来事が次々と起こり始めた。

1980年、マドリード。新進気鋭の映画監督エンリケ（フェレ・マルチネス）の元に、神学校の寄宿舎で共に少年時代を過ごしたイグナシオ（ガエル・ガルシア・ベルナル）が訪ねてくる。幼い頃の面影が全くないイグナシオにエンリケはとまどうが……。

第2次大戦中のアフリカ戦線において、連合軍は、智将ロンメル元帥率いるドイツとの戦いに苦戦し、元帥の暗殺計画を試みるも失敗。ドイツの捕虜となった英軍将校のヤングは、あわや死の寸前、ロンメルの一言で救われ、敵ながらあっぱれと彼の立派な人柄に感心する。ところが戦後、そのロンメルの死が闇に包まれているのを不審に思ったヤングは、その死の真相を解くべく調査を開始。そこから浮かび上がったのは意外な事実だった。

1976年6月27日、イスラエルからフランスへ向けて飛び立った民間旅客機を、武装した4人の男女がハイジャックする非常事態が発生。4人のうちの2人は、パレスチナ解放人民戦線のメンバー。残る2人は、彼らのシンパであるドイツ極左組織のメンバー、ヴィルフリードとブリギッテ。彼らは、エンテベ空港に旅客機を緊急着陸させると、大勢の乗客乗員を人質に取り、イスラエル政府に対して厳しい政治的要求を突きつける。