ゴジラシリーズ第25作。「ミレニアムシリーズ」第3作。平成ガメラシリーズの金子修介を監督に迎え、ゴジラを「太平洋戦争で亡くなった人々の怨念の集合体」という新解釈で描く。日本へ上陸したゴジラを防衛軍が撃退して半世紀が経とうとした頃、一隻の原子力潜水艦がグアム島沖で巨大な生物と遭遇し消息を絶つ。防衛軍はこれをゴジラであると推察、その出現を警戒する。その頃、日本各地で次々と怪事件が勃発、調査に向かった報道陣は謎の老人に遭遇し、“護国三聖獣”の存在を知らされる。ついにゴジラが日本に上陸。それに呼応するかのように聖獣たちも目を覚ますのであった。

イングランド東部ノーフォーク州。上流階級の友人マーカスの広大な屋敷でひと夏を過ごすことになったレオ(ドミニク・ガード)。もうすぐ13才になる彼は屋敷に住む年上の美しいひとり娘マリアン(ジュリー・クリスティー)に淡い恋心を抱く。 ある日友だちと川へ水浴びに行ったとき、小作人のテッド(アラン・ベイツ)の姿を見た。だが、彼は屋敷の人間に気づくと慌てて姿を消した。帰り道、レオはマリアンにテッドのことを尋ねると「前に会ったかもしれない」と返答した。ある日戦争で頬に深い傷を負ったトリミンガム子爵(エドワード・フォックス)が屋敷を訪れた。 実はマリアンはこのトリミンガムと婚約を交わしていたが、まだレオはそのことを知らなかった。マーカスがはしかにかかり、遊べなくなったレオは一人で広大な敷地で遊んでいるうちに足を怪我する。だがレオを見つけたテッドが手当をしてくれた。そしてこれをきっかけにレオはマリアン宛の手紙を託される。こうしてテッドとマリアンの秘密の手紙の配達役となったが、ある日その手紙を盗み読みする。

実業家が愛人宅の浴槽で惨殺された。現場から逃げていく不審な人物が目撃されており、その男の自宅からは狙撃用の的とライフルの薬莢が発見されていた。そして男が１０年前にその実業家の元で働いていた事、同じ頃男の妻が精神障害に陥っている事、その妻が先日事故死している事などが判る。ベックは愛人マリアから男と実業家の関係を聞き出すが、そこには１０年前に製作されたポルノ映画の存在があった。そしてその映画に関わっていた最後の人物は、今では人気歌手となっており、ストックホルム・マラソンに出場するところであった……。原作は『テロリスト』。