17世紀、海賊たちが大海原を荒らしまわっていた遥かなる時代。カリブ海の港町ポートロイヤル。美しい総督の娘エリザベスはかつて海上で助けた少年ウィルが身につけていた黄金のメダルを手に入れ、今も密かに保管していた。そんなある日、突然ブラックパール号に乗ったキャプテン・バルボッサ率いる冷酷な海賊たちが町に現われ、エリザベスがさらわれてしまう。海賊の目的は、彼女がその時身につけていた例のメダルだった。一方、鍛冶屋で働く逞しい若者へと成長したウィルは、幽閉されていた元ブラックパール号船長で一匹狼の海賊ジャック・スパロウと手を組み、エリザベスの救出に向かうのだが…。

呪われた海賊バルボッサとの壮絶な闘いを乗り越え、再びブラックパール号の船長となったジャック・スパロウ。しかし彼は、海賊なら誰もが恐れる幽霊船フライング・ダッチマン号の船長デイヴィ・ジョーンズにもうじき魂を奪われようとしていた。13年前にブラックパール号を手に入れるためジョーンズと“血の契約”を交わしており、その契約の刻限が迫っていたのだ。それでもジャックはその事態を打開するべく、命運を握るある鍵の行方を追い始める。一方、結婚式を挙げようとしていた鍛冶屋の青年ウィルと総督の娘エリザベスは、ジャックを逃がした罪で投獄されるハメに。やがて、２人は再びジャックに会わなければならない宿命となり、それぞれ彼のもとへ向かうのだが…。

全寮制の学校へ行きたくない少女ウェンディ・ダーリングは、大人になることを拒む少年ピーター・パンと出会う。兄弟たちや小さな妖精ティンカー・ベルとともに、ウェンディはピーターに導かれ、魔法の世界ネバーランドへと旅立つ。そこで彼女は、邪悪な海賊フック船長に立ち向かい、人生を永遠に変えるような胸踊る冒険へと乗り出す。