都立ツツジ台高校。 放課後の教室で、響裕太はグリッドマンをノートに何度も描いては消していた。 かつてこの世界はひとりの少女によって作られ、壊された。 その少女の心を救ったのは、異次元からやってきたハイパーエージェント・グリッドマンと、彼女が作った心を持った怪獣、そして裕太たちであった。 平和になった世界で過ごす彼らの日常は、轟音と共に崩れ始める。

ゴジラシリーズ第23作にして、従来のシリーズとの繋がりを断って再度リブートした、「ミレニアムシリーズ」第1作。漁船・第三北海丸を破壊したゴジラが北海道根室市に出現した。ゴジラ予知ネットワークを主宰する篠田雄二は、娘のイオ、雑誌記者である一ノ瀬由紀らと共にゴジラと間近で遭遇し、発電所を破壊するゴジラの姿に「ゴジラは人間の作り出すエネルギーを憎んでいるのではないか」と感じる。時を前後して、鹿島灘沖の日本海溝で強い磁力を帯びた岩塊が発見された。新しいエネルギー資源の可能性を見いだした危機管理情報局の宮坂四郎は、局長の片桐光男に引き上げを進言する。しかし岩塊は、引き上げ作業中に自力で浮上してしまった。

最終決戦から２年後の地球。平和を取り戻したはずの地球に、再び怪獣が頻出する。 時を同じくして世界各地で相次ぐ、超古代遺跡への侵入事件。トキオカ新隊長（演：中村優一）を迎えたエキスパートチーム「GUTS-SELECT」は、「ライラー」と名乗るその一味を確保して調査を進めていた―。 それはこの宇宙の運命を握る壮絶な戦いの序章だった。 立ち向かう「GUTS-SELECT」、さっそうと駆け付ける「ウルトラマンゼット」、そしてその中心で奮闘する主人公マナカ ケンゴ（演：寺坂頼我）こと「ウルトラマントリガー」の前に、影を継ぐ最悪の巨人「イーヴィルトリガー」がその禍々しい姿を現す！ みんなの笑顔を守るため、ウルトラマントリガーが、ハルキ（演：平野宏周）＝ウルトラマンゼットやイグニス（演：細貝圭）＝トリガーダークが、新生「GUTS-SELECT」のメンバーたちとともに、光と影の大決戦へと挑んで行く！

静かな町に暮らす住人たちが一斉に昏睡状態に入り、その後、受胎可能な女性たちが同時に妊娠するという異変が起こる。政府の調査も行なわれるが、原因は不明のまま。その後、生まれた子供たちは急速に成長する。高度な知性と光る眼を持っていた彼らの周囲では不可解な現象が多発。科学者のバーナー博士から光る眼の子供たちが地球上の生命体でないことを明かされた医師チェフィーは彼らに立ち向かおうとするが……。

北極海で大爆発が起き、氷の中に閉じこめられていたカメの大怪獣ガメラを目覚めさせてしまう。北海道に現われたガメラは、エネルギーを求めて地熱発電所を襲撃。自衛隊が応戦するが、ガメラはどんな攻撃も受け付けない。そこで自衛隊は、自力で起き上がれないカメの特性を利用した転倒作戦を考案。ガメラをひっくり返し、飢え死にさせるという狙いは成功したかに見えたが、転倒したガメラは驚くべき方法で起き上がった。

マホニー、ジョーンズ、ハイタワー、タックルベリーら、ドジなポリス軍団が巣立ったラサール校長をつとめるポリス・アカデミーが、廃校するかもしれないという情報が流れた。以前より署長の座を狙っていたモーザーがもう１つのポリス・アカデミーの校長におさまった。ところが州の緊縮財政により、ラサール校長のものかモーザー側かどちらか1つが閉校しなくてはいけないというのが事の真相だ。教え子たちに助けを求めるラサール校長に応えてＯＢたちがかけつける。州では、両校に優秀性を競わせ、決定は評定委員会にゆだねるという。両校の競争に備え、さっそくラサールのチーム特訓がはじまった。

冒険好きの少年明夫とトムは、不時着した無人宇宙船に乗り込み、太陽を挟んで地球と反対側にある第10惑星に連れ去られてしまう。彼らを迎えた第10惑星人は一見友好的に見えたが、やがて本性を現わし、地球侵略のため少年たちの脳を食べて情報を得ようとする。そこへ地球からガメラが飛来、明夫たちは危ないところを救われる。だが、第10惑星人が繰り出した大悪獣ギロンの猛攻で、さしものガメラも深手を負ってしまう。