2029年、二度の大戦を経て、電脳化・義体化技術の発展した世界。新たな可能性の一方で、ゴーストハックや犯罪の多様化といった問題にも悩まされていた。 そんな中、他人の電脳をハックし人形のように使う「人形使い」が入国し公安9課は調査に乗り出す。

「ベトナムから遠く離れて」など、主に記録映画を活動の場としヌーヴェル・ヴァーグの中でも特異な位置を占める作家C・マルケルが全編スチール・カットで撮った中編SF映画の佳作。人類が絶滅した未来からその原因となった出来事を探るため過去にタイムトラベルした男は一人の女性と知り合う。何故か見覚えのあるその女性と行動を共にするうち、彼は幼いころ飛行場で彼女を見たことを思い出す。二人はやがて全ての出来事の根源となる飛行場へとたどり着くのだが……。

2116年に起きた東南アジア連合SEAUn（シーアン）での事件の後、どこかへと姿を消した元刑事課一係の執行官・狡噛慎也。彼はいかなる組織にも属しない傭兵として、紛争地を転々としていた。ある時、政情不安な南アジアの小国にやって来た彼は、武装ゲリラに襲われていた難民のバスを救い、テンジンと名乗る少女と知り合う。かつてゲリラに家族を殺された彼女は、復讐のため戦い方を学びたいと狡噛に懇願する。

あの戦いから2年。 セフィロスがもたらした大破壊から立ち直りつつあった 魔晄都市「ミッドガル」を、謎の厄災が襲う。 「星痕症候群」と呼ばれるその病は、治療方法も見つからないまま次々と人々を死に至らしめていく。 この病に呼応するかのように現れた新たなる敵。 平和と引き換えに大事な仲間達を失い、深い自責の念に心を閉ざしていたクラウドは、眼前に迫った避けようのない戦いを前に思い悩む。 「罪って許されるのか。」 長い葛藤の末、ついに戦いを決意するクラウド。 敵の目的は何なのか?なぜ人々が病に倒れるのか? 人知を超えた戦いの先に待ち受けていた真実とは──。

2117年。公安局の執行官・須郷は、外務省から出向中の花城に、計画中という準軍事組織への参加を打診される。そんな中、彼は自らの軍人時代を思い出していた。2112年夏、沖縄。須郷は国防軍のエースパイロットとして、ある極秘作戦に加わっていた。それから3カ月後。国防省を武装ドローンが襲う事件が発生、身に覚えのない須郷も容疑者のひとりにされてしまう。彼は事件担当の執行官・征陸に協力して真相を追う。

北国の山深く、山の恵みを授かり、生きてきた人々がいる。年頃になった少年は、初めての狩りをしに山奥へと足を踏み入れた。目指す獲物は「クロシシ」。山は生と死が紙一重にある世界。時として自然は牙をむく…。