1988年、アメリカ・マサチューセッツ州ミドルセックス。ある晩、高校生ドニー・ダーコの前に銀色のウサギが現われる。ドニーはウサギに導かれるようにフラフラと家を出ていく。そして、ウサギから世界の終わりを告げられた。あと28日6時間42分12秒。翌朝、ドニーはゴルフ場で目を覚ます。腕には「28.06.42.12」の文字。帰宅してみるとそこには、ジェット機のエンジンが落下していてドニーの部屋を直撃していた。何がなんだか分からないながら九死に一生を得たドニー。その日から彼の周囲では、不可解な出来事が次々と起こり始めた。

田舎の実家に戻り、小説家としての活動を続ける木島理生（竹財輝之助）。一方、就職した久住春彦（猪塚健太）は東京で忙しい毎日を送っていた。そんな中、春彦が木島の実家を訪ねる形で、二人は2年半ぶりの再会を果たす。春彦の初めての木島実家への訪問。個性的なキャラクターの木島の家族との出会いや、初めて見る実家での木島に心ときめく春彦であった。しかし、一方の木島は、心のどこかにモヤモヤをかかえており・・・。