Johnny Gray houdt in zijn leven van twee dingen: zijn trein 'The General' en zijn Annabelle Lee. Als de Amerikaanse burgeroorlog begint wordt hij geweigerd voor het leger, omdat hij meer waarde heeft als machinist.
Dit is een verhaal over een relatie tussen drie mannen: Amin, een Palestijnse nationalist; Joseph, een Israëlische vredesnik; en kolonel Shalit, een rechtse Israëlische inlichtingenofficier.
Jim Phelps en zijn elite-team bereiden in Praag een minutieus plan voor om een computerdiskette met de identiteit van de Amerikaanse spionnen uit de handen van de vijand te houden. Het team, bestaande uit Ethan Hunt, Phelps' mooie vrouw Claire, Sarah Davies en een electronische expert, weet dat een diefstal gepland is op een ambassade-gala in Kiev.
Susan Cooper is een pretentieloze analist bij de CIA en de miskende held achter vele gevaarlijke operaties. Maar als haar partner plotseling verdwijnt en een andere topagent in opspraak raakt, verruilt ze haar kantoorbaan voor die van infiltrant.
De voormalige dief Harry Palmer is nu (onvrijwillig) spion geworden. Hij krijgt de opdracht de vermiste doctor Radcliffe op te sporen, die evenals twee collega's voor hem, verdwenen is. De doctor heeft een dossier dat extreem gevaarlijk kan zijn voor de Westerse wereld. Het blijkt dat de vijand de doctor wil hersenspoelen, terwijl Harry's baas in het geheim met hen onderhandelt.
Geheim agent Ethan Hunt wordt vastgehouden. Hij dreigt te worden neergeschoten voor de ogen van zijn vrouw. Het begin van een kat-en-muis-spel, waarbij Hunt alle special agents die hij vertrouwt, nodig heeft om zichzelf én zijn vrouw te redden.
Ariel, een jonge Franse Jood, besluit zijn familie te verlaten om naar Israël te gaan en in het geheim agent te worden van de Mossad, de Israëlische geheime dienst. Na jarenlange training is zijn eerste missie in Parijs om geheimen te stelen van Remy Prieur, een Franse atoomwetenschapper.
Een Amerikaanse marine-officier wordt door de overheid aangenomen om voor de meest beruchte terrorist ter wereld door te gaan. Op deze manier moet hij hem zien op te pakken. Maar is alles wel zoals het lijkt?
Edward Wilson (Matt Damon) is een ijverige student aan de universiteit van Yale. Daar wordt hij gerekruteerd door het geheime genootschap Skull and Bones, een kweekvijver voor toekomstige wereldleiders. Zijn scherpe geest, onkreukbare reputatie en zijn oprechte geloof in de Amerikaanse normen en waarden maken van Edward Wilson een uitstekende kandidaat voor een bloeiende carrière bij de overheid en hij wordt tijdens de Tweede Wereldoorlog overgeplaatst naar het OSS - de voorloper van de geheime dienst CIA. Als een van de grondleggers van de CIA, werkend in een organisatie waar je op je hoede moet zijn, wordt Wilsons idealisme al snel op de proef gesteld door een groeiend gevoel van onbehagen.
Agent Ethan neemt het op tegen zijn vroegere wapenbroeder Sean Ambrose, een man die alles van hem heeft geleerd, maar nu zijn aartsvijand is geworden. Beide mannen azen op een genetisch gemanipuleerd virus, 'Chimera' genaamd.
Wanneer een overgelopen CIA-agent een apparaat voor gedachten-controle heeft gestolen, moet Cody undercover naar Londen om hem te zoeken. Hij doet zich voor als student op een eliteschool en moet zijn ware identiteit beschermen terwijl hij zijn missie uitvoert.
Een Amerikaanse buitenlandse uitwisselingsstudent in Ierland, Rich Evans (Kurt Russell), raakt verstrikt in spionage wanneer een stervende man hem een bericht geeft om door te geven aan zijn oudere broer, een Amerikaanse inlichtingenagent zonder dat Rich het weet. Rich en zijn vriend worden vervolgens ontvoerd door een Oostblok-agent die zich voordoet als lid van de Amerikaanse ambassade, in de hoop dat ze hem naar een wetenschapper zullen leiden die probeert over te lopen naar het Westen. Oorspronkelijk uitgezonden in drie delen in de tv-serie 'Walt Disney's Wonderful World of Color', en vervolgens opnieuw gemonteerd tot een speelfilm in Europa onder de titel 'The Secret of Boyne Castle'.