狼たちの生き残りを討つため、猟師の見習いである少女ロビンは父親とアイルランドへ。しかし、1人の自由奔放な少女との出逢いが、彼女の世界を大きく変えることに。その少女は夜な夜な狼に姿を変えると言い伝えられた不思議な部族の子供だった…。

ゲームオーバーは現実の死に直結する。 全ての原点であるデスゲーム『ソードアート・オンライン』が、 劇場のスクリーンで新たに幕を開ける。 『ソードアート・オンライン プログレッシブ』は、《SAO》物語のすべての始まり、 アインクラッド第一層からの軌跡を、深く掘り下げながら詳細に描く作者自身によるリブート・シリーズ。

ケータたちが暮らすさくらニュータウンに、空飛ぶ巨大クジラが出現。クジラの発した大きな声と共に、ケータや妖怪たちは実写の世界へやって来てしまう。髪を引っ張ってみると痛みを感じ、手にはしわ、さらには肌には毛穴まで見え、ジバニャンたちも困惑する。ケータたちはアニメと実写の世界を行き来しながら、その原因を探ろうと奔走する。

数百年前、オルドラン城は戦争に巻き込まれる危機に瀕する。城と運命を共にすると誓う女王の元から、その城に仕える波導使いアーロンは弟子のルカリオの元へと立ち去るが、戦いが始まろうとしたまさにその時、世界のはじまりの樹に光が灯り、戦いは防がれるのだった。 現代に至り、アーロンは城を守った波導の勇者の伝説として語り継がれ、オルドラン城ではその年の勇者を決めるためのポケモンバトルの大会が催されていた。その大会へ参加したサトシは見事優勝し、優勝者にのみ握ることの許された「アーロンの杖」を手にする。すると突然杖に光が灯りアーロンの弟子であったはずのルカリオが飛び出してきたのだった。

ヒカリのポケモンコンテスト挑戦のため、断崖の町・アラモスタウンを訪れたサトシたち。しかし町では、100年前の天才建築家・ゴーディにより設計された庭園が何者かに荒らされる事件が起きるなど、町全体で異変が続いていた。 犯人として疑われるポケモン・"ダークライ"。その頃、町の象徴である「時空の塔」で町の異変を調査していたトニオは、ゴーディの日記に記された予言を読み、「神」と呼ばれしポケモン・"ディアルガ"と"パルキア"にまつわる悪夢が町に近づいていることに気づく。

少年リュカは父パパスと旅を続けていた。 その目的は、ゲマ率いる魔物たちに連れ去られた母を取り戻すこと。 旅の道中、遂にゲマと遭遇し、魔物たちと激しい戦いを繰り広げるパパス。 しかし一瞬のスキをつかれ、リュカが人質にとられてしまい、手出しができなくなったパパスは、リュカの目の前で無念の死を遂げる―― それから10年。故郷に戻ったリュカは「天空のつるぎと勇者を探し出せば、母を救うことができる」というパパスの日記を発見する。 父の遺志を受け継ぎ、リュカは再び冒険の旅にでることに。 立ちはだかるいくつもの試練、そしてビアンカとフローラ、２人の女性をめぐる究極の選択。 果たして冒険の先に待ち受けるものとは！？

世界で一番美しい町といわれる水の都「アルトマーレ」。そこでサトシは不思議な技を持つポケモン、ラティアスとラティオスに出会う。ラティオスは兄、ラティアスは妹でとても仲がよく、この町の秘宝「こころのしずく」を守っていた。この秘宝をねらう怪盗姉妹ザンナーとリオン。彼女たちが起こした事件に巻き込まれるサトシとピカチュウたち。隠された封印が解かれた時、町は大水害に見舞われる。奪われた「こころのしずく」を取り返す為、サトシとピカチュウが水の都を駆け抜ける！

ある日、宇宙から隕石が飛来し氷原に激突した。隕石の元へ駆けつけた観測隊のロンド博士たちが見たのは、DNAポケモン「デオキシス」だった。そこへさらにデオキシスを追って「レックウザ」が襲来。激しい戦いの末にデオキシスは敗れ、レックウザも天空へと帰ってゆく。その戦いのさなか、ロンド博士の息子であるトオイは戦いから逃げようとしたポケモンの群れの移動に巻き込まれ、それがトラウマとなりポケモンに触れなくなる。 それから4年後。ハイテク都市ラルースシティに到着したサトシ一行は、ひょんなことからトオイと出会う。トオイのトラウマを克服させようとするサトシだったが、ラルースシティにデオキシスが出現し、レックウザもまたデオキシスを追ってくる。

インド洋上空、3人乗りセスナ機、パイロット死亡。もちろん操縦なんてしたことない。GPS、通信機は故障。燃料残り僅か。 同乗者:元カレ(絶対一緒には死ねない)。ってか、すぐそこに巨大乱気流!絶体絶命の窮地に立たされた2人が、生き残るためにと ったまさかの行動とは‐-。