In Fujisawa zit Sakuta Azusagawa in zijn tweede jaar van de middelbare school. Zalige dagen met zijn vriendin en upperclassman, Mai Sakurajima, worden onderbroken door de verschijning van zijn eerste verliefdheid, Shoko Makinohara.
In het dorpje Shemoto heerst een epidemie waaraan alle inwoners sterven. In opdracht van clanleider Chamberlain gaat een aantal leden van de Koga Ninja Clan naar het dorp om te onderzoeken wat er aan de hand is. In de buurt van het getroffen dorp wordt de groep in het bos aangevallen en op gruwelijke wijze afgeslacht door een aantal merkwaardige en oersterke wezens.
24e eeuw. Het universum zoals wij dat kennen is geleidelijk onder het juk van machtige maffia-organisaties gevallen. De meest angstaanjagende van allemaal, de Space Pirates Guild, is gretig op zoek naar de enige man die tegen hen in opstand is gekomen, een eenzame piraat wiens naam resoneert als een legende: Cobra! Planeet Venus.
Het is 2034, twee jaar nadat Motoko Kusanagi Section 9 heeft verlaten. Togusa is de nieuwe leider van een nu aanzienlijk groter team. Sectie 9 wordt geconfronteerd met een serie van ingewikkelde incidenten waar een hacker genaamd "Puppet Master" voor verantwoordelijk blijkt te zijn.
Naruto en zijn vrienden moeten een kruik gestolen wijwater terugkrijgen van een bende ninja's van hogere klasse.
Deze aflevering draait om de 'Lost Room', een plek waar je kunt vinden wat verloren is gegaan, of degenen die verdwaald zijn. Deze kamer, die van niemand is, ligt vergeten in een hoekje van Chaldea.
Het pad van een samoerai leidt hem naar een jonge serveerster wiens geboortestad werd verwoest door een draak. Hij wil geen problemen, maar hij vindt ze toch.
Naruto, Sakura, Lee en Kakashi hebben de missie gekregen om de prins veilig naar de Moon Country te escorteren. Echter loopt alles in de soep, wanneer hij een circus tegenkomt die hem een zeldzame sabeltand wil verkopen. De prins is rijk en bovendien eigenwijs, dus tegen de adviezen in koopt hij alles. Dit resulteert uiteraard in allerlei problemen.
Na het accepteren van een uitnodiging van een mysterieuze trainer, ontmoeten Ash, Misty en Brock MEWTWO, een kunstmatig gecreëerde Pokémon die wil vechten.
Sawa lijkt misschien onschuldig en naïef, maar laat je niet misleiden. Ze is een koelbloedige moordenaar, en als je aan de verkeerde kant van de wet staat, ben jij misschien wel haar volgende doelwit. Een rechercheur is niet tevreden met het toekijken hoe het onvolmaakte rechtssysteem elke dag steeds meer criminelen de vrije loop laat en besluit de jonge Sawa op te leiden tot zijn instrument van gerechtigheid.
In een universum waar de Koude Oorlog nooit is geëindigd en groeiende conflicten resulteren in de snelle vooruitgang van technologische oorlogsvoering, vecht de cyborgspion Mylene Hoffman van de 00 Organization tegen de agenten van het Oostblok in een spel vol hightech spionage.