De computerhacker Neo komt er achter dat het leven op aarde niets meer is dan een computersimulatie, opgezet door machines om de mensheid in bedwang te houden. Hij wordt door enkele vrijheidsstrijders uit deze "Matrix" gehaald.
De bemanning van een intergalactisch vrachtschip ontdekt op een onbewoonde planeet een ruimteschip dat een noodsignaal uitzendt. Crewleden Kane, Lambert en Dallas gaan aan boord van het onbekende schip en Kane vindt in de catacomben een onbekend organisme dat zich meteen aan zijn gezicht vasthecht.
Na 57 jaar hyperslaap wordt Ripley toevallig opgepikt door een ruimteschip. Ze krijgt tijd om zich te ontspannen en hoopt dat de nachtmerrie met het levensgevaarlijke buitenaardse monster eindelijk voorbij is. Helaas heeft een kolonie terraformers op de planeet LV-426 het ruimteschip ontdekt waar de Alien vandaan kwam.
Hong Kong, 1966. In een kleine hotelkamer schrijft Chow Mo Wan een Science-Fiction boek dat zich afspeelt in 2046. Het gaat over een mysterieuze trein naar 2046 waar al degenen die daarheen gaan worden gedreven door hetzelfde verlangen: hun verloren herinneringen terugvinden. Tijdens het schrijven denkt hij aan de vrouwen die in zijn leven zijn voorbijgegaan.
Een student breekt, zonder het zelf te weten, in in de centrale computer van het Amerikaanse leger. Daar denkt hij spelletjes te spelen tegen de computer. Maar deze spelletjes zouden weleens het begin kunnen zijn van de Derde Wereldoorlog.
De machines hebben de locatie van Zion, de laatste menselijke stad, gevonden. De enige hoop voor de rebellen is The Keymaker, een man met toegang tot alle deuren naar de machinewereld. Hij wordt echter bewaakt door The Twins, een gedreadlocked duo dat kan verdwijnen en verschijnen als geesten. Agent Smith kan zich inmiddels als een virus in The Matrix vermenigvuldigen, wat de zoektocht voor Neo, Trinity en Morpheus bemoeilijkt.
In het midden van de 21e eeuw heeft de mens een nieuw type computer ontwikkeld, dat zich bewust is van zijn eigen bestaan. Deze vorm van kunstmatige intelligentie wordt onder andere gebruikt in robots. Eén van deze robots, een jongen, hoopt een echt mens te worden, om zo de liefde van zijn pleegmoeder terug te winnen.
Computerdeskundige Hannon Fuller ontdekt iets belangrijks: hij wil het aan zijn collega Douglas Hall vertellen, maar aangezien er iemand achter hem aanzit, laat hij het bericht achter in een paralelle computerwereld die identiek is aan de wereld in de jaren '30. Douglas moet nu op zoek in het systeem om het bericht te vinden.
In het Chicago van 2035 behoren robots tot het alledaagse leven. Ze staan ten dienste van de mensen en worden door hen blindelings vertrouwd, omdat ze geprogrammeerd zijn volgens de drie wetten van de robotica. Deze bepalen dat de technologische hoogstandjes de mensen geen kwaad kunnen doen. Rechercheur Del Spooner houdt er echter een andere mening op na. Hij moet de moord op de briljante wetenschapper Alfred Lanning ophelderen en hij vermoedt dat de dader een robot is.
In 1969 verslaat de Britse geheim agent Austin Powers de meeste handlangers van zijn grote vijand Dr. Evil. Dr. Evil besluit zich in te vriezen zodat Austin hem niet zal kunnen pakken. Austin besluit zichzelf ook in te laten vriezen, voor het geval Dr. Evil ooit weer tevoorschijn komt.
Kirk, inmiddels admiraal, krijgt nog één keer het commando over zijn oude schip om een vreemde en dodelijke macht tegen te houden die op weg is naar de aarde. Kirk zoekt zijn oude bemanningsleden bij elkaar om met hen de planeet te redden.
Dr. Evil gebruikt een tijdmachine om terug te reizen naar 1969, waar hij Austin Power's mojo steelt. De Britse geheim agent moet nu terugreizen in de tijd om dit, met de hulp van Felicity Shagwell, terug te vinden. Ondertussen ruziet Dr. Evil vrolijk verder met zijn zoon, en bouwt 'ie een goede vriendschap op met Mini Me, een kloon van zichzelf, maar dan 8 keer zo klein.
Ruim tien jaar nadat John Connor erin geslaagd is om de gevreesde Judgment Day te voorkomen, leeft hij helemaal afgesloten van de maatschappij en probeert hij zo weinig mogelijk gebruik te maken van eender welke machine.
Een team astronauten gaat op een missie om te verkennen, voor de 'The colonisation ship', in hun bommenwerper 'The Dark Star'. Bij de missie moeten zij ook het gebruik van een nieuwe zelfdenkende en pratende interstellaire bom testen. Deze bom wordt gebruikt om instabiele planeten te vernietigen en ruim baan te maken voor de kolonisten. Tijdens de missie gaat er van alles mis: zo komen ze bijvoorbeeld in aanraking met een strandbal-vormig buitenaards wezen die even door het schip stuitert.