京都。冴えない毎日を過ごす大学生の青年“先輩”は、後輩の“黒髪の乙女”に想いを寄せるが、生来の奥手で気持ちを直接伝えることなどできず、「なるべく彼女の目にとまる作戦」＝ナカメ作戦なる回りくどい計画でむなしく彼女の気を惹こうとしていた。そんな彼の気も知らず、天真爛漫な“乙女”は、好奇心の向くまま夜の先斗町を歩き回っては珍妙な人や事件に遭遇し、彼女を追う先輩もまた、さまざまな騒動に巻き込まれていく。

ヴィクトリア朝時代のロンドン。母を亡くして悲しみに暮れる少女クララは、クリスマスに母の形見の卵型の箱を贈られたが、それを開く鍵は見当たらなかった。そんな中、名付け親のドロッセルマイヤーが主催するパーティーに家族で参加したクララは、贈り物として箱の鍵を見つけるが、手にする前にネズミに奪われてしまう。ネズミと鍵を追うクララは、いつしか不思議な世界へ迷い込む。そこは、亡き母が創り上げた秘密の王国だった。