Spider-Man ontmoet enkele van zijn grootste vijanden, waaronder Green Goblin, Kingpin en Dr. Octopus, en herontdekt daarbij zijn eigen identiteit.
Sinds de overname van Dark Energon – het levensbloed van het mythische wezen Unicron – heeft de Decepticon-leider Megatron onvermoeibaar gewerkt om zijn geheimen te onthullen in een poging om eindelijk zijn grote macht te kunnen uitoefenen. Met de kracht om elke hoeveelheid Energon absoluut te corrumperen en zelfs zombieachtig leven terug te brengen naar de doden, is Dark Energon het ultieme wapen tegen de Autobots. Nu is het aan de heldhaftige leider van de Autobots, Optimus Prime, om zijn oude vijand voor eens en voor altijd te stoppen, koste wat het kost. Maar ligt de ware sleutel tot verlossing van de Autobots in de vertrouwde handen van een tienerjongen genaamd Jack?