すべてが朱に染まる夕暮れ、篠原重工の天才プログラマー・帆場暎一が、バビロンプロジェクトの要となるレイバー用海上プラットホーム「方舟」から投身自殺する。その口元に嘲りの笑みを浮かべながら…。これが、すべての始まりであった。 時期を同じくして、レイバーが突如暴走する事件が多発。遂には自衛隊の試作レイバーまでが無人で暴走事件を起こす。 特車二課第1小隊は、近々正式配備される新型パトレイバー（通称「零式」）に関する研修中のため不在。単独で暴走事件の処理に追われる第2小隊の篠原遊馬巡査は、多発する暴走事件の異常性にいち早く気付いて独自に調査を始め、原因が暴走した機体すべてに搭載されていた篠原重工製の最新レイバー用OS「HOS」(Hyper Operating System)ではないかと推測する。また、同様の疑念を抱いていた第2小隊長・後藤喜一警部補は、「HOS」の主任開発者だった帆場の捜査を、本庁の松井刑事に依頼していた。 遊馬の調査の結果、「HOS」が意図的に引き起こす暴走が事件の原因で、暴走の引き金が強風によって建造物から発せられる低周波音であることが明らかとなるが、知らせを受けた警視庁上層部や政府は、有力企業である篠原重工との関係やHOSを認可した国の責任問題の隠蔽を重視し、旧OSに戻すこと（公式には「HOS」のバージョンアップと称される）で政治的決着を図ろうとする。 そしてすべての謎が解明された時、大規模な暴走の引き金となる強風=台風の接近と、その台風により大音量の低周波音を発する東京湾上の浮遊建造物「方舟」を解体するため、第2小隊は「方舟」に向けて緊急出動する。

巨大クレーターが観光名所の米南西部の砂漠の街アステロイド・シティ。科学賞の栄誉に輝いた5人の天才的な子供たちの授賞式の最中に宇宙人が到来する事件が発生。軍は宇宙人出現の事実を隠蔽しようとするが、子供たちは外部へ情報を伝えようと企てて……。

近未来の火星を舞台に美少女刑事の活躍を描いたサイバーパンクアニメ作品。本作は、火星一の人気シンガーが殺された殺人事件を少女刑事アミテージが解決する『POLY-MATRIX』と、その6年後のアミテージの活躍が描く『DUAL-MATRIX』の2作品をセットにしたものだ。

人間が自宅にいるまま、身代わりロボット“サロゲート”を遠隔操作して外で働かせるのが一般化した近未来。犯罪、伝染病、人種差別が激減し、人類は理想的な社会を実現したかに見えるが、サロゲート排斥運動を続ける人々は独立区を築いている。FBI捜査官グリアーと女性の相棒ジェニファーもサロゲート同士でコンビを組んで働くが、サロゲート2体が破壊された事件の捜査へ。なんと2体とも持ち主は自宅で怪死を遂げていた。

太陽風の増加が原因で砂漠化が進み、人類存亡が迫りつつある2044年。人間に代わる労働力としてオートマタと呼ばれる人工知能搭載ロボットが人々の生活に浸透していた。さらに、生命体に危害を加えない、自身で修理・改善しないというルールが製造時に組み込まれており、人間との共存に支障が出ないシステムが確立されていた。そんな中、オートマタ管理者ジャックは彼らが自発的に修理を行っていたのを知って驚く。その首謀者と目的を探る彼だが、思わぬ事実に突き当たる。

オタク・ニートなど、社会からドロップアウトした6人の若者たちが、高度な人工知能による画期的な検索エンジン「クルーク」を作り上げる。しかし、成功や注目とともに、その価値を奪おうとする組織から狙われることになる。