大ヒットを記録したホラーシリーズ「エルム街の悪夢」が終了してしばらく。第1作で主演を務めた女優・ヘザーは悪夢に悩まされていた。そんな折、「エルム街の悪夢」の新作が決定し、懐かしい面々と再会する。だがその日以降、不審な出来事が起こり始める。

前作で息絶えたチャッキーだったが、アンディとグッドガイ人形の事件が全国で取り上げられグッドガイ人形の製造元は人気が低迷した。チャッキーを復元して人形に異常はないということを証明しようとしていたのだが、人形にはまだ凶悪殺人鬼の魂が残っていた。元に戻ったチャッキーは再び魂を取るためアンディを探しにいくのであった。

恐怖の殺りく人形チャッキーには、父親譲りの強烈な殺意を秘めた息子がいた。チャッキーの妻は狂気の計画を進め、人形親子の血塗られた殺人ショーが幕を開ける。

更生施設でカウンセラーとして働くマギーはある日、眠りを拒む少年・ジョンと出会う。彼からエルム街の悪夢や殺人鬼・フレディについて聞いたマギーは、その話と自分が見た悪夢が似ていることに気づき、悪夢の秘密を解くため、ジョンが話していた町に向かう。