白昼のニューヨーク。ペラム駅発123号列車が地下路線の途中で武装集団にハイジャックされた。犯人4人、人質18人。地下鉄公安局のガーバー警部補と犯人たちの虚々実々の駆け引きが始まった・・・。

某テレビ局のディレクターである浅川玲子は、都市伝説にまつわる取材の中で、見た者を1週間後に死に至らしめる「呪いのビデオ」に関わったと噂される男女が、数日前に奇怪な死を遂げた自分の姪、大石智子と同日の同時刻に死亡していることに気づく。調査を進めた玲子は、同時に死んだ智子たち4人の間には交友関係があり、彼らが1週間前に伊豆の貸し別荘「伊豆パシフィックランド」に宿泊していたこと、そしてその際に撮影されたフィルム写真上の4人の顔が不気味に歪んでいることに着目する。彼らの死の謎を突きとめようとして問題の貸し別荘を訪れた玲子は、そこで貸出されていた不審なビデオの映像を見てしまい、直後に不気味な無言電話を受け取る。これを境に、玲子自身の写真もまた死んだ4人と同様に歪んだ顔で写るようになってしまう。

牧師だったグラハムは妻の事故死を境に牧師をやめ、弟のメリル、そして二人の子供達と静かに暮らしていた。しかしその家族の前に様々な兆候（サイン）が現れる。愛犬の暴走、畑に出現したミステリーサークル、家の周りに出没する姿の見えない謎の存在。そしてサインは世界各地に現れるようになった。はたしてサインは何を意味するのか。

1981年、NY。犯罪と暴力が氾濫するこの年に生き馬の目を抜くオイル業界で、クリーンなビジネスを信条にオイルカンパニーを築きあげた移民のアベルとその妻アナ。事業拡大のための土地購入の頭金として全財産を投入した直後、彼の成功を阻止しようとする何者かの手によって、集荷のオイルの強奪、脱税の嫌疑、家族への脅威・・・次々にトラブルがのしかかる。悪い噂は一気に広まり、ついに銀行から融資を断られ、信頼していた妻との間にも亀裂が。刻一刻と破産が迫るなか、孤立無援のアベルはトラブル解決のために奔走する。期限はわずか30日─。

ニューヨークとニュージャージー州を結ぶ海底トンネルで、ある日の夕刻、危険な産業廃棄物を満載したトラックに暴走車が激突し、トンネル内は一瞬にして炎に包まれる。大勢の死傷者が出る中、現場に居合わせたタクシードライバーで元EMS隊長だったラトゥーラは、閉じ込められた人々を救出すべく、現場のEMS隊の隊長と話をつけようとするが、かつてEMS隊に所属していた時期に死者を出した経緯もあるラトゥーラは相手にされない。しかし、諦めきれないラトゥーラは副隊長のフランクと相談し、その海底トンネルの換気口からの進入をこころみる。

問題を抱えて再寝た司祭がローマに旅行し、彼のメンターの奇妙な死を調査します。 若い司祭は、おそらく神秘的な死が、死体の肉を食べた司祭たちが死者の容赦のない罪を管理するために関係する古代の人物「罪喰い」の仕事かもしれないことを発見します。

チェコで、核爆弾の仲介人マイケル・ターナーに成り済ましておとり捜査をしていたＣＩＡの諜報員のケヴィン・ポープが殺された。CIAは、取引きの期限があと９日と迫っていたため、ケヴィンの双子の兄弟であるジェイクをマイケルと偽ることを思いつく。そして、諜報員のゲイロード・オークスが、彼に諜報員のノウハウを教えることになった。

更生施設でカウンセラーとして働くマギーはある日、眠りを拒む少年・ジョンと出会う。彼からエルム街の悪夢や殺人鬼・フレディについて聞いたマギーは、その話と自分が見た悪夢が似ていることに気づき、悪夢の秘密を解くため、ジョンが話していた町に向かう。