Setelah berhasil menyelamatkan nyawa pewaris penting di klan Arashikage, Snake Eyes si petarung tunggal akhirnya diundang ke Jepang oleh klan tersebut. Klan Arashikage dikenal dengan para ninjanya yang telah membawa perdamaian dunia selama 600 tahun lamanya. Maka dari itu, Snake Eyes ditunjuk dan mulai dilatih untuk menjadi bagian dari klan Arashikage dengan kemampuan berpedangnya. Lambat laun, rahasia besar Snake Eyes pada masa lalu pun terungkap, yang tentunya akan berdampak pada kepercayaan dari orang-orang terdekatnya.

Burger Beard adalah bajak laut yang sedang mencari halaman akhir dari buku ajaib yang membuat segala rencana jahat yang ia tulis di dalamnya menjadi nyata, yang terjadi kepada formula rahasia Krabby Patty. Saat seluruh kota Bikini Bottom dalam bahaya, SpongeBob, Patrick, Tuan Krabs, Squidward, Sandy, dan Plankton perlu melakukan misi yang membawa mereka ke permukaan. Untuk membawa kembali resepnya dan menyelamatkan kota, mereka harus mengambil bukunya dan mengubah mereka menjadi pahlawan super.