トリトン王が治める海の王国。16歳になる王の末娘アリエルは、見たことのない人間の世界に憧れていた。ある嵐の日、船から海に落ちた人間の王子エリックを助けたアリエルは、ハンサムな彼に恋してしまう。彼を忘れられないアリエルは、魔女アースラに頼み、自分の声と引き替えに人間になれる魔法をかけてもらった。だが、魔法の期限は3日間。それまでに王子と相思相愛になれなければ、彼女の魂は魔女に奪われてしまうのだ。

一人暮らしのゼペットじぃさんは、木でつくった人形に【ピノキオ】と名づけ、星に「自分の子どもになりますように…」と願いをかける。するとブルーフェアリーが現れ、魔法でピノキオに命を授け「勇気を持って生き、正直で優しければいつか本当の人間になれる」と言い残して去って行く。 学校へ通うようになったピノキオだが、いろいろな誘惑に惑わされてしまい…。

博物館の学芸員で、言語学者であるマイロ・サッチは、アトランティスに関する新しい学説を発表するが、館長に無視される。そんな時、彼の前に、謎の女性、ヘルガ・シンクレアが現れる。彼女に連れられ、プレストン・ウィットモア氏のマンションに行ったマイロは、ウィットモア氏に熱意を認められ、アトランティスの探検隊に入れてもらう。

森から追い出されてしまったキツツキのウッディーがキャンプ・ウーフーで暮らしていこうと決めた矢先、検査官によってキャンプが閉鎖の危機に追い込まれてしまい...。

アメリカ政府の要請で極秘裏に、太平洋の沖合にある海底基地に呼び集められた、心理学者ノーマン、生化学者ベス、数学者ハリーら、一流の学識者たち。彼らは、海底に約300年間沈んだままだという巨大宇宙船の調査を命じられ、その船内に入り込む。そこで彼らは正体不明の球体 "スフィア" を発見する。やがてハリケーンの接近で海上と連絡不通になり、海底基地が孤立する中、次々と奇怪な超常現象が一行を見舞うようになり…。

海面下１万ｍの秘密基地「ディープスター６」では、ミサイル発射台の建設計画が進められていた。そんなある日、建設予定地の近くに巨大な洞窟が見つかる。海洋生物学者のスカーペリは調査を訴えるが、工期の遅れを心配するヴァン・ゲルダー博士は洞窟の爆破を命令。作業にあたる隊員が洞窟に向かったところ、謎の生物に襲撃される。