Josh Baskin té tretze anys però, cansat que les noies no li facin cas i que els seus pares el tractin com a un nen, vol ser gran. Una nit troba en una fira una vella màquina que concedeix un desig a canvi d'una moneda. Josh, sense dubtar-ho un instant, demana fer-se gran. L'endemà al matí descobreix al mirall un cos d'adult. L'altra cara de la moneda seran els problemes i les responsabilitats que ha d'assumir sense cap experiència prèvia.

Després d'haver estat contaminades amb una misteriosa substància química, anomenada Ooze, quatre tortugues que viuen a les clavegueres de Nova York es transformen i muten, de sobte, en grans tortugues. Ara poden parlar i caminar com un ésser humà. Entrenades per una vella però sàvia rata (el Mestre Estellicó) les quatre tortugues, Leonardo, Michaelangelo, Donatello i Rafael, aprendran tècniques ninja per enfrontar-se als criminals més perillosos. Els seus enemics són els membres d'una secta anomenada "El clan del peu", liderada per l'Esquarterador, que vol esdevenir l'amo del món.

Després de derrotar el seu gran enemic, Shredder, el mestre de les joves tortugues intenta mantenir-les juntes. Però comencen a succeir estranys esdeveniment a Nova York.

Al Japó, al segle XVII. Quatre samurais persegueixen el príncep Kenshin que s'ha amotinat contra el seu pare. Detingut i empresonat, Kenshin agafa un ceptre. Dels nostres dies, a Nova York, la periodista April O'Neil, ha vingut a oferir als seus amics Leonardo, Donatello, Raphael, Michelangelo i Splinter el mateix ceptre que ha trobat en un antiquari. Mentre que en llegeix la inscripció, desapareix i Kenshin apareix en el seu lloc. Les quatre tortugues Ninja tornen al segle XVII per lliurar April i ajudar la princesa Mitsu a resistir a la invasió de les tropes del rei Norinaga. Seran ajudats per un jove pirata Whit Whitley, l'avantpassat de Casey Jones…