Den oprørske og engang lovende Jæger pilot Jake Pentecost's far gav sit liv for at redde menneskeheden. Jake har opgivet sin træning og lever i en kriminel underverden. Men da en endnu større og langt mere ustoppelig trussel truer vores byer og bringer verden på randen af sammenbrud, får han en sidste chance af sin søster, som leder en ny generation af modige piloter, som er vokset op i krigens skygge. Deres eneste håb er at stå sammen i en global modstandsbevægelse og tage kampen op mod de kræfter, som ønsker at udslette os. Jake får følgeskab af den piloten Lambert og den 15-årige Jaeger hacker Amara, som bliver hans nye familie.

Vi er midt i 1. verdenskrig. En tysk ubåd sænker et britisk skib og tager de overlevende ombord. Kort tid efter er ubåden ude af kurs og besætningen må skaffe mere brændstof for at komme hjem. Da støder de på en mystisk ø, hvor et ældgammelt olieraffinaderi muligvis kan levere det brændstof de skal bruge. Eneste problen: Øens lokalbefolkning. En besynderlig blanding af dyr og mennesker fra forskellige tidsperioder. Der er dinosaurs, flyveøgle og primitive hulemænd!

I denne opfølger skal vi endnu engang ud på en farlig mission, til et ukendt territorie, fuld af farlige væsner: Sydpolen! Bowen Tyler er forsvundet et sted i området og hans gode ven Ben McBride står nu i spidsen for en redningsmission, der skal finde eventyreren og bringe ham sikkert tilbage til civilisationen. Undervejs går det naturligvis galt, ekspeditionen styrter ned og befinder sig pludselig i et mystisk land med vilde stammer og forhistoriske dyr!