Després de viure uns anys a la presó, en Jake Blues és alliberat per bon comportament. Surt del centre penitenciari vestit de la mateixa manera que va entrar: vestit i barret negres i ulleres fosques. A la porta l'espera el seu germà Elwood vestit de manera idèntica. Ara, l'única llar que van conèixer està en perill. L'orfenat de Santa Elena necessita una gran quantitat de diners, i ells intervindran.
Johnny, Carmen, Dizzy i Ace són quatre joves amics que finalitzen l'institut i fan plans per al futur. Hi domina l'espai com el lloc més desitjable per aprendre un ofici i treballar. La Terra es troba en guerra amb una raça d'insectes alienígenes gegants, i els quatre amics estudiaran disciplines per destruir-los. Però cadascú anirà a una unitat diferent, segons les capacitats. Johnny es veu separat de la seva xicota, Carmen, ja que ell ha d'anar a infanteria. El dia que Johnny decideix marxar de l'exèrcit, els insectes arrasen la ciutat natal. És la guerra.
En Frank Leone és un pres que ha romàs a la presó durant molts anys, i ara només li resten sis mesos per sortir-ne en llibertat. Però un vell enemic, l'ex-alcaid Gateway, d'una presó d'alta seguretat, vol impedir-ho costi el que costi. D'aquesta manera, en Frank veurà com és traslladat injustament i tractat amb una insultant crueltat, esperant aconseguir que cometi l'error que permeti allargar la seva condemna.
Després d'aconseguir escapar amb Newt i Bishop d'un planeta alienígena, la tinent Ellen Ripley (Sigourney Weaver) recala accidentalment a Fiorna 161, una remota presó galàctica els perillosos reclusos de la qual estan absolutament abandonats a la seva sort.
Més de dos-cents anys després de la seva mort, Ripley (Sigourney Weaver) torna a la vida gràcies a l'ús de tècniques avançades de clonatge. Però, durant el procés, l'ADN de Ripley s'ha barrejat amb el de la Reina Alien, per la qual cosa Ripley comença a desenvolupar certes característiques de la perillosa alienígena.
Quan una bella femella híbrida humana/alienígena (Natasha Henstridge) s'escapa d'un laboratori d'observació, el científic Javier Fich (Ben Kingsley), envia un assassí del govern (Michael Madsen), a un psíquic, a una biòloga i a un antropòleg en la seva recerca. Mentre rastreja a la seva presa per Los Angeles, l'equip descobreix el seu pla; aparellar-se amb homes per produir cries que puguin destruir a la raça humana. Mentre el seu mortal rellotge biològic avança amb rapidesa, Fitch i el seu equip es llancen a una inquietant persecució de què depèn el destí de la humanitat.
Un equip de filmació de 'National Geographic' és presa com a ostatge per un caçador boig, que els porta en la seva recerca per capturar la serp més gran i mortal del món.