داستان طومار نینجا درباره یک شمشیرزن بدون استاد و سرگردان به نام کیباگامی جوبی است که به تنهایی سفر می‌کند و به استخدام کسانی که به او به عنوان پاداش طلا و چیزهای با ارزش می‌دهند در می‌آید. در آن زمان ژاپن در بحران به سر می‌برد و بیماری طاعون در حال نابودکردن روستاها بود و حتی خود دولت ژاپن را نیز درگیر کرده بود. جوبی نیز به طور غیرمستقیم درگیر برنامه یک گروه شیطانی به نام ۸ شیطان شد، که هدف آنها تسخیر ژاپن بود.
"پائول برتر" وکیلی محافظه کار با "کوری" زنی با نشاط و سرزنده ازدواج می کند.اما رابطه پر حرارت آنها در سفری به نیویورک به اختلاف کشیده می شود و...
داستان در شهر مخوف مالاریا می‌گذرد. این شهر، یک شهر کوچک و شاد بوده، اما دانشمندان دیوانه با اختراعات شیطانی شهر را در تاریکی و ترس همیشگی فرو برده‌اند. دانشمندان تمام تلاششان بر این است که اختراعاتی ترس آفرین تر و اهریمنی‌تر ارائه دهند و مردم دوست دارند شاهد خشونت و ترس بیشتری باشند. دانشمندان هر کدام یک گوژپشت به عنوان وردست دارند که نام همگی آنها ایگور است. شخصیت اصلی هم ایگور است. وقتی رئیس ایگور طی یکی از آزمایشات احمقانه‌اش می‌میرد ایگور به آرزویش می‌رسد و…
خانم لی که در طی اقامتش در جزیره با سونگ(جکی چان) جوانی که تبحر چندانی در مبارزه ندارد اما به شدت با زورگویی ژاپنی ها مخالف است آشنا شده را زیر نظر یکی دیگر از استادان کونگ فو تعلیم می دهد.