아마존강 유역의 작은 도시에 사는 피츠카랄도는 대단한 오페라광으로, 그는 아마존의 정글 속에 훌륭한 오페라하우스를 지어 카루소와 베른하르트가 출연하는 베르디의 오페라를 공연하는것이 소원이다. 그는 자금을 마련하기위해 고무를 찾아 배를 타고 밀림 속으로 모험을 떠난다. 간단한 줄거리의 이 작품은 고도의 상징과 진행의 정확성, 잔꾀를 멀리하고 몸으로 부닥치는 제작 태도, 몽환적이며 동시에 진실한 성격 등이 어울려힘과 기백이 살아숨쉬는 작품으로 완성되고 있다. 밀림 속에서 만나게 되는 원주민들과 피츠카랄도의 관계는 대중과 선구적인예술가의 관계를 상징하는데 피츠카랄도의 무모한 행적이 원주민신앙의 신탁에 의한 것으로 설정되어 숭고한 인간의 의지로 승화되는 것은 이 작품의 자연주의적인 진행방법과 접목되어 완성도를 한층 높여주고 있다. 헤어조크가 자주 등장시키는 유명한 배우 클라우스 킨스키는 브루노와 함께 헤어조크의 작품세계에 가장 잘 어울린다. 킨스키가 보여주는 피츠카랄도의 이미지는 헤어조크 자신을 반영하는 듯한 감도 있다. 이 작품을 제작, 연출하면서 보여준 헤어조크의 열정과 의지 또한 피츠카랄도의 그것과 똑같은 것이었다.

1560년, 스페인 원정대는 아마존 강 기슭에 있다는 황금의 도시 엘도라도를 향해 모험을 나선다. 아무도 가보지 않은 전설의 땅으로 가는 길이 험난해지자 피사로 장군은 우루수아를 대장으로 임명하고, 40명의 선발대를 뗏목에 태워 강으로 먼저 보낸다. 원정대와 선발대가 약속한 사전 조사 기간은 일주일, 하지만 엘도라도에 대한 강한 정복욕에 사로잡힌 아귀레는 대장 우루수아를 가두고 반란을 일으킨다. 배고픔과 질병, 식인종들의 습격 속에서 작은 뗏목은 커다란 광기에 휩싸이는데...

2009년 페루 원주민들은 도로, 수로, 석유 생산시설 등을 점거하고 반정부 시위를 벌인다. 이들이 요구하는 것은 외국 기업들이 밀림 지역에 진출해 석유 시추, 채광, 벌목, 대규모 농경 등에 참여할 수 있도록 한 개발법을 철폐하는 것. 하지만 알란 가르시아 대통령이 시위대를 무력으로 진압하면서 경찰과 원주민 사망자가 발생한다. 여기에 원주민 지도자인 알베르토에게 페루 정부가 선동 반란 혐의를 적용해 구속 영장을 발부하면서, 정부와 시위대 두 세계의 충돌은 걷잡을 수 없는 유혈 사태로 치닫는다.

자타가 공인하는 실력을 지녔지만 언젠가는 근사한 레스토랑을 여는 게 꿈인 최고의 ‘회수전문가’ 벡(드웨인 존슨). 단 한번의 실패도 없는 경력을 자랑하는 베테랑인 그에게 최고의 위기가 될지도 모르는 의뢰를 받게 된다. 베일에 싸인 보물을 찾겠다고 정글로 간 트라비스(숀 윌리엄 스코트)를 찾아달라는 요청을 수락한 벡은 위험천만의 황금도시 ‘헬도라도’로 떠난다. 생각보다 쉽게 트라비스를 찾아내는데는 성공하지만 신비의 보물 ‘가토’의 실마리를 지닌 신비의 여인 마리아나가 나타나면서 일은 점점 복잡하게 꼬이기 시작한다. 게다가 정글의 독재자 헷쳐(크리스토퍼 월켄)마저 ‘가토’를 노리며 온갖 수단을 동원해 벡과 트라비스를 추적하기 시작하는데...

인류학자 케일(Dr. Steven Cale: 에릭 스톨츠 분)은 다큐멘터리 영화 연출팀과 함께 신비의 부족으로 알려진 아마존의 쉬리샤마 족을 찾아 나선다. 케일의 연인이자 다큐필림 연출가인 테리(Terri Flores: 제니퍼 로페즈 분)와 촬영기사 대니(Danny Rich: 아이스 쿠브 분), 음향기사 게리(Gary Dixon: 오웬 윌슨 분) 그리고 리포터인 웨스트리지(Warren Westridge: 조나단 하이드 분)도 같은 배에 동승하고 있다. 안개(Mist) 부족으로 통하는 쉬리샤마족은 아나콘다라는 거대한 뱀을 위협적인 존재이자 신의 파수꾼으로 신봉하는 부족이다. 이들을 찾아 아마존으로 항해하던 케일 일행은 폭우가 쏟아지던날 밤 난파 된 보트에서 구조를 요청하는 샤론(Paul Sarone: 존 보이트 분)을 만나게 된다. 아마존 오지의 지리는 물론 쉬리샤마 부족에 대하여 잘 알고 있는 샤론은 자신을 살려준 대가로 이들의 가이드를 자청한다. 이때부터 이들에겐 의문의 사고가 발생하기 시작한다. 케일이 잠수 도중 장수말벌을 삼켜 질식사 할 뻔하다가 샤론의 응급조치로 구사일생으로 살아나고 선장이었던 마테오(Mateo: 빈센트 캐스텔라노스 분)는 종적도 없이 사라져 버린다. 과연 샤론의 정체는 무엇일까? 그는 전문 밀렵꾼이며 뱀 수집가로 100만 달러이상의 돈벌이가 되는 아나콘다를 찾아 이들과 합류했던 것이다. 그러나 샤론의 음모와 정체를 알게 되었을 때 그들은 이미 아나콘다의 근거지에 들어선 상태였다. 거대한 아나콘다의 위협이 서서히 다가오는 가운데 샤론은 게리의 동조로 배의 실권을 쥐게 되고, 아나콘다를 생포하려는 샤론에 의해 게리와 그의 연인인 데니스(Denise Kalber: 카리 살린 분)는 아나콘다의 희생양이 되고 만다. 아나콘다의 끔직스런 육식현장을 목격하게 된 테리는 엽총으로 아나콘다를 사살하지만 이들은 이 아나콘다보다 더 잔인스럽고 음흉한 샤론과 위협적이고 사나운 수컷 아나콘다와 또다시 마주하게 되는데.

뜨겁고 습한 아마존의 정글. 사람이 살수 없을 것 같은 이 오지에 매력적이고 활동적인 여인 알리사 로스만과 괴팍한 성격의 사진기자 R.J.가 도착한다. 환경 보호 운동가 암살사건을 조사하기 위해 이 곳에 온 R.J.와 그의 작업을 돕기 위해 온 알리사는 도착한 순간부터 계속 충돌한다. 덥고 습한 날씨와 더불어 야생동물과 원시 부족의 위협속에서 사건의 진상을 밝혀가던 두 사람은 위기의 순간을 넘기면서 서서히 동료로서의 유대감을 넘어선 야릇한 감정을 느낀다. 사건의 실마리가 풀려가면서 두 사람의 사랑은 무더운 날씨만큼이나 뜨겁게 불타오르는데…