Una expedició científica a la recerca de fòssils al riu Amazones és interrompuda per una sorprenent i inesperada troballa: Gill-Man el llegendari monstre de la llacuna negra. Els exploradors capturen la criatura amb finalitats de recerca, però el monstre aconsegueix escapar-se. Entre la por i el caos desfermat pel desconegut parador en què es pot trobar Gill-Man, aquest torna per a segresta la preciosa Kay, promesa d'un dels investigadors de l'expedició, de la qual l'animal s'ha enamorat.
Després de la ruptura d'un acord mil·lenari entre la humanitat i els poders invisibles d'un món fantàstic, l'infern a la Terra està cada vegada més a prop. Un líder despietat, que es maneja tant en el món dels humans com en el de les criatures, decideix trair als seus ancestres, i desperta a un exèrcit imparable de criatures diabòliques. Ara, en aquest moment de debilitat, el superheroi més dur haurà de combatre contra l'imparable líder i el seu exèrcit. És vermell, calent i incomprès… és Hellboy (Rom Perlman). Al costat del seu equip habitual de l'Agència d'Investigació i Defensa Paranormal, la piroquinética Liz Sherman (Selma Blair) i l'amfibi Aparti Sapien (Doug Jones), i comptant aquesta vegada amb el protoplásmico i místic Johann Kraus, Hellboy viatjarà entre els dos mons, fent front a les versions corpòries dels éssers invocats des del món de fantasia. Hellboy, que pertany als dos mons, haurà d'elegir entre la vida que coneix i el desconegut destí que li reclama.
L'exèrcit americà fa unes proves atòmiques en un desert del sud-oest dels Estats Units. Com a resultat de les radiacions, les formigues pateixen una mutació que les fa créixer fins a assolir gegantines dimensions. Mentre el govern nega l'existència de l'amenaça, els insectes mutants van cap a les ciutats més properes. Un grup de científics i militars intentaran impedir el desastre.
Adaptació a la gran pantalla del popular còmic de Bob Kane, que aquell mateix any i amb els mateixos protagonistes coneixia una reeixida versió en format de sèrie de televisió que duraria dos anys a la petita pantalla. Batman i Robin s'enfronten a un grup de criminals entre els quals hi ha els seus eterns rivals Joker i El Pingüino, que s'han apoderat d'un sofisticat artefacte per dominar el món.