冬の間は豪雪で閉鎖されるホテルの管理人職を得た小説家志望のジャック・トランスは、妻のウェンディーと心霊能力のある息子ダニーとともにホテルへやってくる。そのホテルでは、かつて精神に異常をきたした管理人が家族を惨殺するという事件が起きており、当初は何も気にしていなかったジャックも、次第に邪悪な意思に飲みこまれていく。

常人離れした知能指数を持つが日常生活には順応できない男、マックス・コーエンは自作のスーパーコンピュータを用いて日々株式市場の予測を行っていた。「世界に存在する事象のすべてはそれぞれ一つの数式で理解できる」と信じる彼の前に、ある日コンピュータが巨大な数字の塊を吐き出した。216桁のその数字には、かつて円周率 (π) を研究していたマックスの師ソルも辿り着いていた。彼はその日を境に216桁の数字が持つ不可思議な魔力に取り付かれていく。

70年代初頭に、ニューヨークで起きた一連の残忍なホモ・セクシャル殺人事件を解決しようと、ニューヨーク市警察が、囮捜査官をクリニッジ・ビレッジの”ハードゲイ”地帯にもぐりこませる…。

ローズとクリストファーは、娘・シャロンの奇妙な言動に悩んでいた。ローズは、しばしば情緒不安定に陥り、何かに取り憑かれたかのように「サイレントヒル…」と謎のうめき声を発する娘に心を痛め、サイレントヒルという街が実在することを知り、治療のためにシャロンを連れてそこを訪ねることにする。しかし、サイレントヒルは30年前の大火によって多数の人々が死亡した忌まわしい場所であり、今では誰も近付かない廃墟と化した街であった。途中、女児誘拐犯と勘違いされて女性警官に追われるものの、二人とも帰り道が突如切れ無くなった街に取り残され、シャロンも後部座席から消えており、捜索、他の住人への聞き取りなど進めていくが不思議な現象に巻き込まれてゆく。