“あの光の中に、行ってみたかった”。高1の夏に離島から家出し、東京にやって来た帆高。だが生活はすぐに困窮し、孤独な日々の果てにようやく見つけた仕事は、怪しげなオカルト雑誌のライター業だった。彼のこれからを示唆するかのように、連日降り続ける雨。そんな中、雑踏ひしめく都会の片隅で、帆高はひとりの少女と出会う。ある事情を抱え、弟と2人で明るくたくましく暮らすその少女・陽菜。彼女には不思議な能力があった。

電車内で酔っ払いに絡まれていた美しい女性を救った、秋葉系ヲタク青年=電車男。彼女に恋をした彼は、お礼に貰った高級ブランド“エルメス”のペアカップのお返しにと、彼女=エルメスを食事に誘おうとするのだが、彼女いない歴23年、恋愛経験ゼロの彼にはどうしていいか分からない。そこで、ネット掲示板の住人たち=名無しさんたち(看護師のりか、ひきこもりのひろふみ、仕事に疲れたサラリーマンのひさし、倦怠期主婦のみちこ、ヲタク3人組のよしが、たむら、むとう)に助言を求める。