Durant una onada de calor, apareixen uns núvols estranys i comença a caure una pluja àcida, causant devastació i pànic. En un món a punt de l'abisme, una noia i els seus pares divorciats han d'unir forces per intentar escapar d'aquesta catàstrofe.

Dos joves abandonen Dakar per emprendre el camí cap a Europa. Una odissea contemporània a través dels perills del desert, els horrors dels centres de detenció i els perills del mar. Inspirada en històries reals (moltes d'una cruesa superior a la que es mostra) i en una laboriosa documentació duta a terme durant dos anys.

Mentre juga en una platja rocallosa, Sasuke, un nen de cinc anys, troba una peixeta de colors anomenada Ponyo amb el cap encallat en un pot de melmelada. Sasuke la rescata i li diu: No et preocupis, jo et protegiré i et cuidaré. No obstant això, el pare de la Ponyo, un bruixot que viu a les profunditats de l'oceà, l'obliga a tornar. Vull ser humana! exclama la Ponyo i, decidida a convertir-se en una nena i tornar amb Sasuke, escapa. Però no li serà gens fàcil aconseguir reunir-se amb ell.

L'home ha començat a fer fora els gossos viverrins de la seva llar, el pujol de Tama, per culpa de la proliferació de cases i centres comercials. Cada cop els és més difícil trobar menjar i refugi, així que s'apleguen per plantar cara als humans. Els gossos viverrins perfeccionen l'art antic de la transformació i adopten forma humana, cosa que desemboca en moltes situacions còmiques.

En un futur llunyà, mil anys després d'una guerra apocal·líptica, la Terra apareix coberta de boscos plegats de bolets verinosos i d'insectes gegantins. La humanitat ha estat gairebé eliminada i els pocs supervivents malviuen en poblats aïllats i en males condicions. Nausicaä és la princesa de la Vall del Vent, un indret minúscul, rodejat de regnes més poderosos i hostils.