世間を震え上がらせたハッキング事件を起こし、さらに殺人容疑で追われる天才ハッカーのベンヤミン（トム・シリング）が警察に出頭してくる。ハッカー集団「CLAY」に加担して盗んだ情報によって殺人事件を引き起こしてしまい、今度は自分が狙われていると告白。その自白を基にベンヤミンの身辺調査に着手した捜査員は、不可解な事実を次々に見つけだす。

「個別の11人事件」後、草薙素子が公安9課を去って2年経った西暦2034年。草薙が失踪したことにより組織の変革を余儀なくされた9課は、課員を大幅に増やし「10の力で1つの事件を解決する組織」から「8の力で3つの事件を解決する組織」へと方針を転換。加えてトグサをリーダーに任命し、新体制の下で犯罪の抑止にあたっていた。 バトーはこれになじまず、新入隊員の訓練教官を務める傍らで「個人的推論に則った捜査」として単独行動を取っていた。そんな中、梵字の刺青を入れた男たちが相次いで不審な自殺を遂げる事件が発生。彼らはシアク共和国のカ・ルマ元将軍に忠誠を誓い、マイクロマシンによるテロを画策していた工作員であることが判明。それについてカ・ルマの嫡子であるカ・ゲル大佐が取り調べに応じたが、突如として国外逃亡を図り、人質を取って新浜国際空港に立てこもる。トグサ率いる9課はカ・ゲルを追い詰めるも、彼は突然「傀儡廻（くぐつまわし）が来る!」と叫び、トグサの目の前で拳銃自殺してしまう。この一部始終を、失踪したはずの草薙が離れた場所から監視していた。 立てこもり事件から数日後、単独で捜査を行っていたバトーは草薙と再会する。草薙はバトーに「Solid State には近づくな」と謎の警告をする。捜査が進むにつれ、バトーは草薙が「傀儡廻」ではないかと疑い出す。

冷え切った空気が人の心まで凍てつかせるストックホルムの厳しい冬。天才ハッカー、リスベット・サランデルに仕事が依頼される。人工知能研究の世界的権威であるフランス・バルデル博士が開発した核攻撃プログラムをアメリカ国家安全保障局から取り戻すことだった。リスベットにしてみれば簡単な仕事のはずだったが、それは１６年前に別れた双子の姉妹、カミラが幾重にも張り巡らせた狂気と猟奇に満ちた復讐という罠の一部に過ぎなかった。

天才クリエイター、キャッスル（マイケル・C・ホール）が開発したオンライン・ゲーム“スレイヤー”では、生身の人間が遠隔操作され、激しい戦闘を繰り広げていた。無実の罪で投獄され、スレイヤーの戦士となったケーブル（ジェラルド・バトラー）は、30回勝ち抜けば釈放という条件にあと1回と迫り、世界中の注目を集めていたが……。

過去を捨て海釣り船の船長をしている男が、突然現れた元妻に、暴力を振るう現夫を殺してほしいと頼まれる。この依頼、受けるべきか断るべきか...。

連続殺人事件から数ヶ月後、同じ現場から次々と若い女性の遺体が見つかり、刑事の加賀谷は先の事件で逮捕した浦野に捜査協力を依頼する。