サバンナの王として君臨するライオン、ムファサに息子シンバが生まれる。ムファサの弟スカーは、王の座を狙い、ムファサ暗殺を企み、罠にはまったムファサは絶命。邪悪な叔父スカーに父王を謀殺されたシンバは国を追われ、イボイノシシ等サバンナのはぐれ者たちと暢気なその日暮らしを送っていたが、恋心を抱く幼なじみのナラに、故国の窮状を訴えられ、皆を引き連れ帰郷、スカーと一対一の決闘に臨む……。

モンスターズ株式会社は、住民全員がモンスターのモンスター・シティと呼ばれる町にあった。サリーと相棒のマイクら社員は毎晩町のエネルギー源である子どもたちの悲鳴を収集するために人間界へと出向いていたが、ある日、幼い女の子ブーが迷い込んで来る。何より人間の子どもに恐怖を抱いていたモンスターたちは、パニックに陥り……。

美しい高原の街「グリーンフィールド」に住む少女ミーはアンノーンの研究をしている父親のシュリーと共に暮らしていた。ある日、遺跡の調査をしていたシュリーがアンノーンの空間に閉じ込められてしまい、行方不明となった。父親が残した奇妙なカードをミーが並び替えた時、「アンノーン」達が出現し、彼女の感情を感じ取り、エンテイを生み出した。声や雰囲気から父親がエンテイになって帰ってきたと思い、ミーは喜んだ。 一方、サトシたちも旅の途中でトレーナーのリンとのポケモンバトルを繰り広げ、ジョウト地方で女性が行きたい場所No.1の「グリーンフィールド」を訪れていた。突如グリーンフィールドがクリスタルで囲まれたことに困惑するサトシ達。シェリーや娘のミーが気掛かりになったオーキド博士とハナコも現場に向かい、サトシと再会した。その様子を見ていたミーは自分もママが欲しいとエンテイに願うと彼女の願いを叶えるため、ハナコを連れ去ってしまう。グリーンフィールドの結晶化が進む中、ミーはサトシ達に両親が帰ってきたから来ないようにメールが来る。それに疑問に思う一同であったがサトシはハナコを救うため、カスミやピカチュウ達と共にグリーンフィールドの中心に出来た結晶塔へ向かう。

南極にある皇帝ペンギンの国“エンペラー帝国”。彼らにとって何より大事なことは、自分だけの“心の歌”を見つけること。ところがマンブルは筋金入りの音痴で、小学校では幼なじみのグローリアが美声を披露するのとは対照的に調子外れな音程で大非難を浴びる始末。その代わり生まれつきタップダンスが得意なマンブルは、アデリー・ペンギンの５人組“アミーゴス”に踊りを絶賛され意気投合。しかし、そのダンスが帝国に災いをもたらすと判断した長老の命令でマンブルは追放の身に。さらに、ペンギンの食糧となる魚を乱獲する人間たちを説得しに向かった彼は、挙句に捕らえられてしまう。

リトル家の一員として迎えられた子ねずみスチュアート。だが、一家には新たな娘マーサが生まれ、パパやママも赤ちゃんにかかりきり。スチュアートが寂しい思いを感じるある日、彼は通学の途中、空から落ちてきた小鳥のマーガロを助ける。彼女はNYの空に君臨するタカのファルコンに襲われたという。傷ついたマーガロを家に連れ帰り、つきっきりで看病するスチュアート。やがて彼はマーガロに種族を越えた恋心を抱き始める。