De film gaat verder waar Evangelion 1.0 stopte: de paramilitaire organisatie NERV verdedigt de wereld tegen de terugkeer van de Angels, maar de voortdurende oorlog begint zijn tol te heffen. Shinji Ikari's relatief plezierige leventje krijgt een wending als een nieuwe groep Evangelion pilots, waarbij de roodharige Asuka Langley Shikinami, hem en Rei Ayanami komen bijstaan.
Een student medicijnen keert terug uit Zwitserland waar hij samen heeft gewerkt met een bekende wetenschapper die op een vreemde manier dood gegaan is. Op zijn universiteit gaat de student gewoon door met zijn experimenten om de doden weer tot leven te wekken.
Vijf twintigers besluiten om een weekendje in een afgelegen hut te spenderen, midden in het bos. Al gauw wordt duidelijk dat de vijf - drie mannen, twee vrouwen - meer op hun bord krijgen dan een idyllisch uitje alleen. Het oplezen van een spreuk uit een dagboek leidt tot dood en verderf, en allerlei bizarre gevolgen van dien.
Een groep mensen stopt ergens in het zuiden, om wat te eten in een truckers restaurant. Ze komen er echter al snel achter dat ze hier geen tijd hebben om gewoon wat te eten, maar dat ze moeten vechten voor hun leven en zichzelf moeten verdedigen tegen engelen, gestuurd door God om de mensheid uit te roeien.
El Superbeasto is een detective die zich vermomt als een Mexican-Style worstelaar die een voorliefde heeft voor strippers. Hij bestrijdt krankzinnige wetenschappers, zombies en hoog begaafde gorilla's. Hij wordt daarin begeleid door zijn sexy zus Suzie X die ook spionne is en een metershoge robot genaamd Marvin die gek is op muziek van Barry Manilow en Michael Bolton. Een van de wetenschappers is de mysterieuze Dr. Satan die het voornemen heeft de gehele wereld te veroveren.
Tijdens de Tweede Wereldoorlog komt ergens boven het Caribisch gebied een klein vliegtuig zonder brandstof te zitten en wordt het door een storm uit koers geblazen. Geleid door een zwak radiosignaal maken ze een noodlanding op een eiland. De passagier, zijn bediende en de piloot zoeken hun toevlucht in een landhuis dat eigendom is van een arts. De slimme maar gemakkelijk bang te maken bediende raakt er al snel van overtuigd dat het landhuis wordt achtervolgd door zombies en geesten.
Een bedrijf, dat niet wilde betalen voor het correct dumpen van hun chemicaliën, stopte een deel ervan in een vrachtwagen met melk, waarbij uiteindelijk drie meisjes om het leven kwamen. De meisjes keren dan terug uit de dood om bloedige wraak te nemen.
De experimenten van het leger met transportmiddelen veranderen mensen per ongeluk in alligators.