みらいとリコ、モフルンは久しぶりに人間界（ナシマホウ界）を訪れ、プリキュアとしてより立派になるための秘訣を探ろうとするが、モフルンがクッキーの甘い匂いをかぎつけ走り出してしまう。2人が追ってみるとそこには、他のプリキュア達と花見をするために待ち合わせ場所に行く途中の春野はるかとその仲間達がいた。リコがうっかり魔法を使ってしまったため、みらいは焦りはるか達は驚くことになる。 そこへ、はるか達プリンセスプリキュアが倒したはずの魔女ディスピアが出現して暴れ出す。みらいとはるか達6人は変身してひとまず撃退するが、今度は魔女ソルシエールの手下であるトラウーマが現れ、「プリキュアの涙」を要求する。ある目的の為に「プリキュアの涙」を用いた秘薬を作ろうとするソルシエールは、プリキュア達の記憶を探ってディスピアを初めとする歴代敵組織の首領の幻を作り出し、プリキュア達を捕えて幽閉していた。ミラクルとマジカルは戦うが、ソルシエールによって異世界に飛ばされ、離れ離れにされてしまう。 「ハピネスチャージプリキュア」や「ドキドキ!プリキュア」とも出会い、それぞれ戦うミラクルとマジカルだったが、プリキュアになりたてで戦いに不慣れな2人は集中して狙われてしまい、くじけそうになる。しかしミラクルは「ふたりはプリキュア / ふたりはプリキュアMax Heart」の妖精のルルンの「ブラックたちを助けてルル」と涙ながらの訴えを聞き、マジカルはキュアエコーからの励ましを受け、さらに奮闘する先輩プリキュア達を見ることで「くじけない心」を知り再び立ち上がる。 そんな状況の中、少女の歌声が聞こえてくる。それは最初の戦いの時から聞こえてきた不思議な歌声だった。その歌声を追っていくうちにいつしかミラクルもマジカルもその歌を口ずさみ、やがて合流した2人は、ソルシエールの屋敷へとたどり着く。だがその時、他のプリキュアは全員囚われの身となっており、さらにトラウーマは主人のソルシエールとは別の思惑で、恐るべき計画を進めていた。 果たしてミラクルとマジカルは歴代プリキュアたちを救う事ができるのであろうか。ソルシエールの真の目的は、そして歌声の正体は？

かつて、ノストラダムスの隣町に住んでいたヌスットラダマスが「20と23が並ぶ年に天から2つの光が降り、世界に混乱がもたらされる」という予言を残した。そして西暦2023年の夏、宇宙から白と黒の2つの光が地球に降り注ぎ、しんのすけに白い光が命中。不思議なパワーがみなぎるしんのすけは、エスパーとして覚醒する。そして、もう一方の黒い光を浴びた男・非理谷充（ひりや・みつる）もまた、エスパーとなった。バイトは上手くいかず、推しのアイドルは結婚、さらには暴行犯に間違われ警察に追われていた非理谷は、力を手に入れたことで世界への復讐を企む。破滅を望む非理谷と、それを止めようとするしんのすけの、超能力バトルが幕を開ける。

非情な私刑執行人パニッシャーは犯罪組織に単独で乗り込んでいたところを、国際平和維持組織S.H.I.E.L.D.の極秘ミッションを妨害したとして収監される。S.H.I.E.L.D.の長官ニック・フューリーは彼を釈放する代わりにブラック・ウィドウとチームを組み国際テロ組織リヴァイアサンによって盗まれたS.H.I.E.L.D.の軍事テクノロジーを奪還してほしいと持ちかける。アイアンマン、ハルク、ソーたちにも援護を要請し、2人は敵地へと潜入するが…。

北のある国で人間に改造手術と洗脳を行い、無敵の戦士を作り上げるプロジェクトが進行していた。彼らは“701部隊”と呼ばれたが、政府は実験の中止を決定、彼らの抹殺を目論む。しかし、唯一洗脳を免れたブラック・マスクはこの謀略を察知し脱走に成功する。香港で平穏な生活を送る彼だったが、やがて何者かに命を狙われるようになり、黒ずくめの怪人ブラック・マスクとなって対決するのだった。

幼少時の事故で廃液を浴び、視力を失ったマットだが、代わりに音で周囲を知覚する超感覚“レーダーセンス”を身に付ける。成長した彼は少年時代、ギャングに殺された父の仇を取ろうと、悪に立ち向かう弁護士となる。ある時、マットはレイプ事件の裁判で敗訴するが、裏で犯罪王キングピンが暗躍して圧力をかけていた。義憤に燃えるマットは法の限界を感じ、自ら悪に正義の鉄槌を下すべく、マスクのヒーロー、デアデビルになり……。