パワード・スーツ受け渡しの国家命令を拒否した科学者兼経営者のトニー・スターク。ある日、トニーの前にウィップラッシュなるアイアンマンと互角のパワーを持つ敵が現れたことから、トニーは再びパワード・スーツに身を包みアイアンマンとして立ち上がる。

1983年。文明が誕生する前から神として君臨していた、ミュータントの始祖でもあるアポカリプスが、突如として長い眠りから覚醒する。数千年ぶりに目にした人間とその文明が、誤った方向に進んでしまったと考えた彼は新しい秩序が必要だと判断。マグニートーなど、4人のミュータントを率いる。彼の存在と考えを知ったプロフェッサーXは、ミスティークらと共にその行動の阻止に挑む。

チキン・リトルは内気でさえない男の子。空から奇妙なかけらが落ちてくるのを目撃するが、町の人々は彼をウソつき少年としてトラブルメーカー扱い。尊敬する父にも信じてもらえなかったことで、ますます自信を失うリトル。そんな時、彼は再び“空のかけら”を発見。変わり者の仲間たちとかけらの正体を追うリトルは、なんと大きな宇宙船に遭遇。かけらは宇宙船のパネルの一部で、やがて宇宙船団が出現し、町は大騒動に陥る。

実写映画シリーズ第二弾。キャストは総入れ替えされているが、ストーリー的には続いている。内容はぐっとシリアスになり、原作に近づき、ガイバー生誕の秘密を追って謎の遺跡に接近する主人公と調査隊を装う敵結社クロノスとの戦いを描く。敵の幹部であるゾアノイドが、さらにガイバー化してパワーアップするという強力なモンスターが登場。