現代に復活した恐竜が、カスカベで、東京で大暴れ！の超巨大作品！　笑いあり、涙あり、そしてシロとカスカベ防衛隊が小さな恐竜と出会い、生命の垣根を超えた友情を描きます！

1人の男が今、覚醒する。豆腐屋の息子で、ガソリンスタンドでバイトする高校3年生の藤原拓海。このところ、彼の周囲が妙に騒がしい。秋名山・峠下りのドリフト勝負で、赤城レッドサンズの高橋啓介の駆る黄色のRX-7が、謎のパンダカラートレノ(通称ハチロク)に軽々と抜き去られてしまったというのだ。性能差、実に200馬力以上。抜かれた啓介も秋名の幽霊かと思うほど信じられない速さだった。まもなくして赤城レッドサンズは秋名山に集結し、あの勝負を目撃していた池谷をリーダーとする秋名スピードスターズに交流戦を持ちかけ、何と対戦相手にハチロクを指名してきた。池谷はかつて"秋名最速の走り屋"と謳われていた藤原文太という存在を知り、彼に交流戦の参加を頼み込む。しかし当日、池谷や啓介たちの前に現れたのは……!

13歳の魔女キキは、古い一族の掟に従い、黒猫ジジと修業の旅に出る。そして、海辺の大きな街で修行をすることに。箒で飛ぶ以外に能がないのキキは、空飛ぶ宅急便を始める。しかし、最初の仕事でいきなり荷物を無くしてしまう……。

「貴族」マイエル＝リンクが、都の名門エルバーン家の少女シャーロットを拉致する事件が発生した。エルバーン家は、"D"に加え、「貴族」たちでさえ恐れる凄腕のハンター一味・マーカス兄妹にもシャーロットの救出を依頼した。 "D"、マーカス兄妹、マイエル＝リンクと彼が雇った怪物の用心棒「バルバロイの民」が入り乱れての追跡行の行きつく先、最終決戦の場は、悪名高い女「貴族」カーミラの居城であった。

超ワガママな映画女優、富士風雪絵を護衛することになったナルトたち。映画『風雲姫の大冒険』シリーズの完結編が“雪の国”で撮影されることになった。だが、雪絵は撮影現場から逃げ出してしまう。雪絵には“雪の国”にまつわる隠された過去があるらしい。任務遂行に燃えるナルトたちの闘いが始まる。

時は未来、辺り一面の荒野の中、たたずむ裸の男と女。お互い記憶も名前も覚えていなかった。遠くに巨大な都市が見える。その中の人々は、皆同じ顔をしていた。 突然吹き飛ぶ人々。その轟音の中に完全武装したPANDYとRETROがいた。 車を奪い、縦横無尽に逃げまくる！ 追いかける警官たち、壮絶なカーチェイス！！ しかし捕まり、2人は刑務所へと送られる。 その刑務所とは、二度と出られぬ月面の「DEAD LEAVES」であった。 そこで、彼女らを待ち受けるものとは一体……。

4人の王が入り乱れた「学園島事件」以降、姿を消したままとなっているシロこと伊佐那社。白銀の王として目覚めた彼が率いた組織のクランズマンである夜刀神狗朗とネコは、その行方を懸命に捜索し続けてきた。しかし、伊佐那社に関する手掛かりを求めては空振りに終わるという毎日が続き、徐々に気を落としていく二人。そんな中、赤の王・周防尊が治める組織・吠舞羅のメンバーとなっていた鎌本力夫と櫛名アンナが何者かに追跡されているのを目にする。

ニューヨークの街角にある店に、一人の老婆が入ってきた。その店は、怪物のマスクを着用して夜通し騒ぎまくるナイトクラブ。その老婆、ロゼッタと顔なじみのルパンは、ゴリラに扮して上機嫌。だが、そこに届いた宅急便の中から銭形警部が現れ、ルパンはオートバイに乗って逃走する。それを追う銭形警部との激しいバイク逃走劇は、ブロードウェイの巨大な看板へと舞台を移していく。だが、その一部始終を苦々しく見つめている男達がいた。ニューヨークを牛耳るマフィアのボス、マルチアーノと若頭のコワルスキーだった。

トルコ。「ノアの方舟」が乗り上げたと言い伝えられるアララト山でアーカムの調査員が消息を絶った。同時にアララト山に強力な磁場が発生。その影響を受けたアメリカの軍事衛星が消滅した。その半年後、アーカムのNO.1スプリガン・御神苗優は、何者かからの挑戦状を友人の命と引き換えに受け取る。間一髪、難を逃れた優がアーカム日本支部に駆けつけると、そこには「次はお前の番だ!」とのメッセージと共に、3週間前にトルコ支部で襲撃されたアーカムの調査隊の遺体写真が届いていた。優は日本支部の制止を振り切ってトルコへ飛ぶ。だが、優を待ち受けていたのは「ノアの方舟」に触手を動かしたアメリカ国防総省の機械化小隊だった。

突如現れた謎の存在・MUによって、隔絶された東京。中に残った高校生の神名綾人は逆に外の世界が滅亡したと教えられ、恋人の同級生美嶋遙との記憶も遠くなりつつあった。その綾人の前に一人の女性が現れる。

生化学者・永島利明は事故死した妻・聖美（きよみ）の肝細胞の培養を始める。それは、聖美を生き続けさせるためだった。順調な増殖を示す聖美の肝細胞。中でもミトコンドリアの増殖は異常ですらあった。時を同じくして聖美から腎臓の提供を受けた少女、真理子の身体にも異変が生じていた。全ては10億年前に人類の体細胞に侵入し、寄生という形の共存を続けてきたミトコンドリアの、新たな生命体への進化を目的とした計略だった。