1998年10月、両儀式はふとしたことから臙条巴という自称人殺しの家出少年と知り合う。巴に助けを求められた式は、彼に自室を隠れ家として提供し、奇妙な共同生活を送り始める。しばらくの後、巴は自分の親殺しの罪を告白する。奇しくも蒼崎橙子から似たような事件の詳細を聞いていた式は、巴と共に臙条家のある小川マンションへ向かう。

テレビシリーズ「LUPIN the third ～峰不二子という女～」に携った小池健が監督を務め「ルパン三世」の次元大介をメインに描くスピンオフ版のアニメーション。大泥棒ルパン三世の相棒である次元のキャラクターを掘り下げ、ルパンと次元がどのようにしてチームとなっていったかを映し出す。声優陣は栗田貫一、小林清志、沢城みゆき、山寺宏一らおなじみのメンバーが集結。ルパンと次元の絶妙なコンビネーションと共に、一層ハードボイルドになった作風にも期待が持てる。＜あらすじ＞秘宝リトルコメットを盗もうと東ドロアへ向かったルパン三世と次元大介。二人は秘宝を奪うことに成功するも、行先には必ず警察が待ち構えていて、さらに次元が撃たれてしまう。その後、とある墓地で次元大介の名が記された墓石を発見。ルパンと次元は、殺す前にターゲットの墓を用意するという殺し屋・ヤエル奥崎を捜すが.

1999年2月。両儀式は黒桐幹也の前から姿を消した。そして、それに合わせるように再発する連続猟奇殺人事件。3年前、自らを人殺しと称した式。信じ続けると誓った幹也。幹也は式の無実を証明するため、殺人事件の捜査を始める。そんな中、幹也はある麻薬事件をきっかけに、高校時代の先輩・白純里緒と再会する。

ある嵐の夜、山羊のメイは山小屋に避難した。同様に１匹のオオカミ（ガブ）も同じ山小屋に避難してきた。真っ暗な闇の中、かぜ気味で鼻の利かない２匹は互いの正体を知らないまま夜通し語り合い、意気投合する。そして「あらしのよるに」を合い言葉に翌日再び会う約束をする。

Ａ．Ｃ．１９６年、クリスマスイブ。リリーナ・ドーリアンは外交訪問中のＬ－３ Ｘ１８９９９コロニーで拉致され、一人の少女に出会う。少女の名はマリーメイア。 先年死去した世界国家の元首でＯＺ総帥を務めたトレーズ・クシュリナーダを父に持 つという。少女が父の覇権を継ぎ新たなる戦いを宣言したその頃、ヒイロ、デュオは 独自のルートでＸ１８９９９コロニーへの潜入を果たす。が、２人の前に敵となった 五飛とトロワが立ち塞がった！

「失敗ばかり」「なにもしない軍隊」と揶揄され、世間に落第軍隊として見下されているオネアミス王立宇宙軍。宇宙軍士官・シロツグ・ラーダットは、欲望の場所でしかない歓楽街で献身的に布教活動を行う少女・リイクニ・ノンデライコとの出会いをきっかけにそれまでのその日暮らしの自堕落な生活を捨て、宇宙戦艦という名目の人類初の有人人工衛星打ち上げ計画に参加し宇宙を目指すことになる。 厳しい訓練や多額の税金・裏金を使う宇宙開発の意味、開発スタッフの事故死、敵国「共和国」からの刺客、リイクニとの気持ちのすれ違いを乗り越え精神的に成長していくシロツグの姿を描く。

1995年3月、黒桐幹也は街で一人の少女と出会った。透徹した不思議な眼差しを持った少女に、幹也は一目で心を奪われてしまう。翌4月、観上高等学園の入学式で幹也はその少女と再会する。少女は「両儀式」と名乗り、人を寄せ付けない性格であったが、幹也には少しずつ心を開いていく。ある日、幹也は式のもう一つの人格である「織」と面識を持つことになる。自分は殺人者だと言う織に戸惑う幹也。そんな中、観布子市内では連続猟奇殺人事件が発生し、街は重苦しい雰囲気に包まれていた。

1999年1月、魔術師見習いである黒桐鮮花は、師である蒼崎橙子にある事件の調査を命じられる。それは鮮花の母校である礼園女学院で、生徒の記憶が妖精に奪われているというものだった。妖精を視ることができる両儀式を連れて学院に戻った鮮花は、さっそく調査を開始する。

1998年8月、観布子市では少女による飛び降り自殺が多発していた。自殺した少女たちの関連性は不明で、場所はきまって巫条ビルという取り壊しの決まった高層ビルだった。両儀式はその巫条ビルの上空に浮遊する少女たちを目撃する。そんな中、式の友人である黒桐幹也が巫条ビルに近づいたのを機に昏睡状態に陥ってしまう。暦が9月に差し掛かろうとする頃、式は幹也を取り戻すため、夜の巫条ビルに赴く。

2027年のロサンゼルス、地球上は荒廃し、人工臓器の開発により身体をサイボーグ化する技術が普及し負傷した身体の一部をサイボーグ化することが普通になっていた。ロボット工学関連の犯罪専門のLA市警捜査官アレックスも身体の一部をサイボーグ化され、犯罪者を射殺するため奔走していた。