クリスマス・イブの夜。出産を翌日に控えた妊婦・サラの家に、黒い服を着た長い髪の見知らぬ女が忍び込んでくる。女は巨大なハサミを手に、サラに襲いかかる。信じられない衝撃と理不尽な恐怖に包まれたサラは、陣痛を起こしてしまうが…。

5日間のサバイバル・ゲームで勝ち抜くと賞金10万ドルというTV番組の撮影で、“アポカリプス(=黙示録)”と称する森の中に選ばれた若者たち6人が集合する。キンバリーもそれに参加するため森へ向けて車を走らせていたその時、突然何者かが飛び出してきたため、ブレーキをかける間もなく轢いてしまった。キンバリーは生存を確かめるため、倒れた男に恐る恐る顔を近づけると、その男に一瞬にして噛み付かれ、さらには森の中から出てきたもう一人に、斧でカラダを縦に真っ二つに切り裂かれた。そう、この森は人喰い一家の棲む森だった。ゲームの参加者達は、何も知らないままその森へと入っていく。

1939年8月、一人の赤ん坊が食肉処理工場の血まみれの床で生まれた。その子は生まれながらの奇形児で、生肉の包装紙に包まれ、すぐにゴミ箱に捨てられた。たまたまゴミを漁っていた女に拾われた赤ん坊はトーマスと名付けられ、女の家族ヒューイット家で育てられる。 トーマスは6歳のとき、自傷性の変性顔面異常症と診断されるが、その頃から動物を殺して解体するなど異常性が際立っていた。 やがて9歳から食肉処理工場で働き始めた彼は、30歳のとき食肉処理工場が閉鎖されたショックから工場長をハンマーで殴り殺してしまう。住む土地に異常な執着を持つヒューイット家は、逮捕に来た地元の保安官を殺害し、その人肉を食卓に並べた。かくしてヒューイット一家の殺戮が始まった。 ある男女4人が交通事故に合い、内3名が保安官の格好をしたホイト･ヒューイットのパトカーに拘束されヒューイット家の自宅に連れて行かれてしまう。そこには冷酷な殺人鬼と変貌しつつあるレザーフェイス（トーマス）が待ち構えていた。

白い仮面をつけた殺人鬼ブギーマンことマイケル・マイヤーズが巻き起こす恐怖を描く人気ホラー「ハロウィン」のシリーズ第5作。前作から1年後。事件のショックから失語症となり小児病棟に入院しているジェイミーは、いまだに毎晩のように悪夢にうなされていた。そんな中、死んだと思われていたマイケルが突如として復活を遂げ、再びジェイミーの前に出現。ルーミス医師は今度こそマイケルと決着をつけるべく立ちあがる。