冬の間は豪雪で閉鎖されるホテルの管理人職を得た小説家志望のジャック・トランスは、妻のウェンディーと心霊能力のある息子ダニーとともにホテルへやってくる。そのホテルでは、かつて精神に異常をきたした管理人が家族を惨殺するという事件が起きており、当初は何も気にしていなかったジャックも、次第に邪悪な意思に飲みこまれていく。

ローズとクリストファーは、娘・シャロンの奇妙な言動に悩んでいた。ローズは、しばしば情緒不安定に陥り、何かに取り憑かれたかのように「サイレントヒル…」と謎のうめき声を発する娘に心を痛め、サイレントヒルという街が実在することを知り、治療のためにシャロンを連れてそこを訪ねることにする。しかし、サイレントヒルは30年前の大火によって多数の人々が死亡した忌まわしい場所であり、今では誰も近付かない廃墟と化した街であった。途中、女児誘拐犯と勘違いされて女性警官に追われるものの、二人とも帰り道が突如切れ無くなった街に取り残され、シャロンも後部座席から消えており、捜索、他の住人への聞き取りなど進めていくが不思議な現象に巻き込まれてゆく。

少女の内側にあるのは、2人の幼なじみの間で揺れる乙女心。そして、生けるモノをむさぼり食う血に飢えた悪魔…。夜ごと姿を現す悪魔が、少女を苦しめてゆく。

1999年12月31日。1000年紀(ミレニアム)最後の日に悪魔が復活。だが悪魔が世界を支配するためには、運命の下に生まれた一人の女が必要だ。教皇の命により悪魔の魔手から彼女クリスティーンを護るべく修道士がNYに飛ぶが、悪魔の前に成す術は無い。だが元刑事で今は民間警備会社で働くジェリコ・ケインは運命に導かれるまま、悪魔からクリスティーンを守る役目をまかされる事になる。新世紀を賭けた壮絶な死闘が今始まろうとしていた。

1962年。イタリアから希望の国アメリカに向けて出港したアントニア・グラーザ号。贅の限りを尽くしたこの豪華客船は、航海中に突然その消息を絶った。それから40年後の現在。海難救助用のタグボート”アーティスティック・ウォリアー”のクルーたちは、謎の男からベーリング海に浮かぶ巨大漂流戦のサルベージ依頼を受ける。その船こそが40年前に消息を断ったゴーストシップ＝アントニア・グラーザ号であることも知らずに……。一体この船で何が起きたのか？　乗船していた1,100人もの人間が忽然と姿を消したのはなぜか？　謎と恐怖が支配する、ゴーストシップへようこそ──。

心理カウンセラーである茉優(池田エライザ)の勤め先に、警察に保護された少女が入院してくる。記憶を失い名前も言えない彼女のカウンセリングにあたる茉優だが、周囲で奇怪な現象が頻発する。同じころ、茉優の弟で動画クリエイターの和真(清水尋也)は、アップロードした映像の再生回数が伸びないことに焦りを感じていた。そこで、死者5人を出した火災の起きた団地に侵入し、心霊動画を撮ろうとする。