Kenshin Himura is een legendarische zwaardvechter. Hij is gestopt met het doden door middel van het zwaard. Hij probeert een vredig leven te leiden met Kaoru Kamiya die in het dorp een zwaardvechtersschool runt. Maar de zaken veranderen als het Akabeko restaurant, waar Kenshin Himura het liefst gaat eten, wordt verwoest. Kenshin Himura vindt daar een briefje waarop geschreven staat "Junchu".
Ishun heeft een bedrijf in Kyoto en is getrouwd met Osan. Osan wordt door haar broer benaderd omdat hij geld nodig heeft en omdat ze weet dat Ishun het niet zal gaan geven wendt zij zich tot zijn meest betrouwbare assistent Mohei.
Kanichiro Yoshimura is een samurai en een echte familieman die zijn vrouw en kinderen niet meer kan voeden vanwege de lage lonen die door zijn kleine dorpsclan worden betaald. Noodgedwongen vertrekt hij, zijn familieleden achterlatend, om in de grote stad meer te verdienen bij een grotere clan.
Als Zatôichi, een rondreizende masseur en groot samoerai, een door criminelen gerund dorpje binnentrekt, weerhoudt het feit dat hij blind is hem er niet van het aan de stok te krijgen met de lokale bende.
Na jarenlang rondzwerven door Japan besluit Takezo, die inmiddels een naam heeft opgebouwd als groot strijder, naar Kyoto af te reizen, waar hij het op wil nemen tegen de leider van een belangrijke vechtschool.
Als Takezo door een machtige Shogun wordt gevraagd een leraar te worden en tegen de kundige Sasaki Kojiro te vechten, zegt Takezo dat hij binnen een jaar tegen Kojiro zal vechten, maar dat hij de baan afslaat.
Takezo verlaat samen met zijn beste vriend Matahachi hun geboortedorp om zich bij het leger aan te sluiten, dat net op het punt staat een belangrijke veldslag te gaan leveren. Het leger verliest de strijd echter, waardoor het tweetal moet vluchten.
Een jaar na de gebeurtenissen uit het eerste deel keert Zatoichi terug naar het dorp Iioka om in de tempel te bidden voor de ronin Hirate Miki, die hij heeft vermoord. Maar de handlangers van een hooggeplaatste heer, die Zatoichi eerder had gemasseerd en zijn mentale handicap had ontdekt, zitten hem op de hielen. Om deze gênante onthulling te verdoezelen, huren de samurai Yakuza-baas Kanbei in om Zatoichi voor altijd het zwijgen op te leggen. Tot overmaat van ramp is Zatoichi's eigen broer Yoshiro ook in het dorp, op zoek naar Ichi. Zatoichi heeft ooit zijn eigen broer kreupel gemaakt in een geschil over een vrouw.
Een op de vlucht zijnde heer, zijn lijfwachten en enkele volgelingen, trekken allen vermomd als monnik door een bos, waar zij moeten voorkomen gepakt te worden en moeten zij de grenswachters te slim af zijn.