Een kwade bosgod infecteert een prins met een dodelijke ziekte. Hij zal sterven als hij geen geneesmiddel zal vinden, maar het lijkt er op dat hij in het Oosten van het rijk hulp kan vinden.
In het Tokio van begin jaren 60 voeren militaire contra-spionagetroepen strijd tegen een sterk georganiseerde ondergrondse beweging van subversievelingen en terroristen. Tijdens een anti-terroristische actie betrapt geheimagent Kazuki een zelfmoordterroriste.
Er zijn twee jaar verstreken sinds Bem, Bela en Belo verdwenen. Bem leeft nu het leven van zijn dromen met een vrouw en kinderen. Alleen heeft hij een nieuwe naam en geen herinnering aan zijn mensachtige monsterverleden. Is dit echt huiselijk geluk of iets sinisters?
Tijdens een noodlottige zomer moet een groep basisschoolkinderen, die op drift zijn geraakt in een verlaten flatgebouw, in zichzelf kijken om een weg terug naar huis te vinden.
Ergens in Tokio bevindt zich een kamer. In deze kamer bevindt zich een zwarte bol. Zo nu en dan worden er personen, die eigenlijk hadden moeten sterven, naar deze kamer gebracht. De bol geeft hen speciale uitrusting en wapens met de opdracht om alle aliens op aarde te vermoorden.
Twee jaar na de gebeurtenissen in de game Final Fantasy VII, wordt ex-militair Cloud Strife geconfronteerd met een nieuw gevaar, genaamd het Star-Scar Syndrome. Ook Sephiroth lijkt opnieuw zijn opwachting te maken.
De film is een adaptatie en uitbreiding van de Planetarische visuele roman van Key. Het verhaal speelt zich af in een dystopische toekomst waarin biologische en nucleaire oorlogsvoering een ooit welvarende beschaving volledig in puin heeft achtergelaten. De film vertelt het verhaal van een oude man die rondreist met een mobiele planetarium projector om mensen de sterren te laten zien.
Ash, Pikachu en vrienden schieten te hulp wanneer vijf Genesect Pokémon aankomen in de stad en ruzie krijgen met de legendarische Pokémon Mewtwo.