De brutaalste boekaniers ter wereld zetten koers naar het grote Piratenfestival, waar de Straw Hats meedoen aan een doldwaze race om de schat van Gol D. Roger te vinden. Er is alleen één klein probleempje: een oud lid van Rogers team heeft een sinistere rekening te vereffenen.

Als de 17 jaar oude Makoto Konno de gave heeft om, vrij letterlijk, terug in de tijd te "lopen", begint ze meteen op school cijfers te verbeteren en persoonlijke misstappen recht te zetten. Ze komt er echter snel achter dat het verleden veranderen niet zo makkelijk is als het lijkt.

In het dorpje Shemoto heerst een epidemie waaraan alle inwoners sterven. In opdracht van clanleider Chamberlain gaat een aantal leden van de Koga Ninja Clan naar het dorp om te onderzoeken wat er aan de hand is. In de buurt van het getroffen dorp wordt de groep in het bos aangevallen en op gruwelijke wijze afgeslacht door een aantal merkwaardige en oersterke wezens.

Het weesjongetje Kotaro en zijn hondje worden opgejaagd door een bataljon Chinese Ming-soldaten. Maar ook de moorddadige samoerai van de Japanse Akaike-clan zijn naar hem op zoek. Het blijkt dat het joch, zonder het te weten, de sleutel is tot het eeuwige leven. Om die onsterfelijkheid te verkrijgen bestrijden de Ming en de Akaike elkaar. Kotaro heeft vriendschap gesloten met de langharige ex-ronin, die ze 'No Name' noemen. Vanwege een traumatische gebeurtenis in het verleden heeft hij zijn zwaard verzegeld en afstand gedaan van zijn naam. Toch is hij het die Kotaro te hulp schiet.

De jonge Gen en zijn familie leven in Hiroshima tegen het einde van W.O.II. Aangezien Gen's vader de mening is toegedaan dat de oorlog niet te winnen is, wordt hij verstoten door de rest van de buurtbewoners.

Alles speelt zich af in 2029. Het Ministerie van Buitenlandse Zaken heeft de ideale topagent, de 'Puppet Master' gemaakt. Deze is niet menselijk, heeft geen lichaam en kan zichzelf verplaatsen via de elektronische snelweg, het net.

Als in 1999 een VN Labor missie in Zuid-Oost Azië wordt aangevallen en vernietigd door een groep terroristen, is dat het begin van een nachtmerrie voor het Japanse leger. Drie jaar later valt de groep terroristen Tokio aan en de bevolking is in grote paniek en het leger staat paraat om in te grijpen.

Twee jaar zijn gepasseerd sinds Edward Elric terecht kwam in het Duitsland van 1921. In die tijd heeft hij veel onderzoek gedaan in de hoop een methode te vinden om terug te kunnen keren naar zijn tijd, helaas zonder resultaat. Wanneer hij hoort dat de Thule Society, die banden heeft met de Nazi partij, achter de locatie van de mystieke andere wereld, "Shambala", is gekomen, krijgt hij opnieuw hoop.

Een mysterieuze zelfmoord en een reeks onbemande weglopers van robots leiden tot een politieonderzoek naar de verdachte software aan boord van duizenden industriële robots in Tokio.

Het 'Umbrella-incident', dat plaatsvond in Raccoon City, werd door de overheid beëindigd met een krachtige raketaanval met de intentie het zombie-virus volledig uit te roeien. Nu, zeven jaar later, wordt er op een vliegveld ergens in de Verenigde Staten echter opnieuw een zombie uitgezet. Het vliegveld begint zich langzaam maar zeker te vullen met de ondoden, en het macabere incident van zeven jaar eerder lijkt zichzelf te herhalen. Claire Redfield is toevallig aanwezig op dit vliegveld.

Als gevolg van een oorlog, die de helft van de mensheid heeft gedood, staat de stad Olympus als een toren van hoop in een wereld vol chaos en conflicten. Deze utopie wordt geregeerd door Gaia en geholpen door genetisch gemaakte humanoids beter bekend als Bioriods. Deunan en Briareos zijn lid van de E.S.W.A.T., een speciale elite eenheid in Olympus die wordt ingezet wanneer er problemen zijn in de stad. Hun partnerschap wordt getest wanneer er een Biorod genaamd Tereus aan hun team wordt toegevoegd. Deze Biorod is gemaakt van het DNA van Briareos en bezit daardoor ook zijn eigenschappen. Tegelijk wordt Olympus in het geheim aangevallen door een groep wetenschappers die hun eigen versie van vrede op Aarde willen doorvoeren.

Lupin wordt verdacht van de moord op een professor genaamd Theo Argent. De professor had zojuist de ontbrekende pagina uit Marco Polo's observatieboekje in de Eastern Travel Journal ontdekt. Terwijl Lupos wordt achtervolgd door de politie, krijgt hij onwaarschijnlijke hulp van Lisa, de kleindochter van Theo Argent.

Bewoners van de Prism World Momo en Penguin-sensei werken samen om verschillende Prism Shows te introduceren in de geschiedenis van Aurora Dream, Dear My Future en Rainbow Live. Binnen de vele Prism Shows uitgevoerd door Aira, Mia, Naru en hun vrienden, staan ​​er slechts tien bovenaan.

De gevechtslinies zijn getrokken, waardoor oude vrienden Kira en Athrun tegenover elkaar komen te staan ​​in de oorlog. De resulterende strijd zal een keerpunt in hun leven markeren als Athrun en de Zaft-troepen een groot offensief lanceren om de oorlog voor eens en voor altijd te beëindigen!