Troldmanden Newt Scamander ankommer til New York i 1926 med en kuffert fuld af usædvanlige, magiske væsener, han har fundet på en nylig rejse. Ved et uheld slipper væsenerne ud af Newts kuffert, og nu må han og nogle nye bekendtskaber gøre, hvad de kan for at indfange dem igen.

Blæksprutten dr. Octavius Brine nærer et indædt had til den langt mere nuttede pingvinrace. Forklædt som forsker vil Brine kidnappe alle pingviner i verden og forvandle dem til frastødende mutanter! Men de fire pingvinagenter Skipper, Kowalski, Rico og Rekrut er på sagen, og de får hjælp af indsatsstyrken Nordenvind, der består af en ulv, en sæl, en isbjørn og en ugle.

Lily og hendes mor flytter til en ny by, hvor Lily møder tre unge kvinder, der kalder sig selv hekse og har ledt efter et fjerde medlem til deres cirkel. I starten er det uskyldig sjov, men de kommer hurtigt på dybt vand.

Da hans nyfundne store kærlighed bliver fanget af en ond slangetæmmer, begiver en ung kobraslange og hans skorpionven sig gennem ørkenen på en vild redningsmission.