魔物も人間も水不足にあえぐ砂漠の世界で、悪魔の王子・ベルゼブブと保安官・ラオが手を組み、砂漠のどこかにある「幻の泉」を探す旅に出る。

2029年、二度の大戦を経て、電脳化・義体化技術の発展した世界。新たな可能性の一方で、ゴーストハックや犯罪の多様化といった問題にも悩まされていた。 そんな中、他人の電脳をハックし人形のように使う「人形使い」が入国し公安9課は調査に乗り出す。

《これは、ゲームであっても遊びではない。》 世界初のVRMMORPG《ソードアート・オンライン》がデスゲームと化し、 １万人のユーザーがゲームの世界に閉じ込められてから、既にひと月以上が過ぎていた。 鋼鉄の浮遊城《アインクラッド》第一層を攻略したアスナは、 キリトとコンビを組んだまま、最上階を目指し旅を続けていた。 女情報屋アルゴの協力も加わり、攻略は順調に進んでいるかのように見えたが…… 攻略を先導するトッププレイヤー集団、《ALS》（アインクラッド解放隊）と《DKB》（ドラゴンナイツブリゲード）。 本来は共闘すべき2大ギルドの対立が勃発する。 その陰には、暗躍する謎の人物の姿が――。 死と隣合わせの危険な戦いのなか、《攻略》とはまた異なる《脅威》が、 アスナとキリトを巻き込んでいく――！

季節外れの雪が降った夏の日。頼まれごとを断れない内気な少年は、いなくなった母親を捜しに来たという気が強い少女に連れられ、ふしぎな旅に出ることに。

あの戦いから2年。 セフィロスがもたらした大破壊から立ち直りつつあった 魔晄都市「ミッドガル」を、謎の厄災が襲う。 「星痕症候群」と呼ばれるその病は、治療方法も見つからないまま次々と人々を死に至らしめていく。 この病に呼応するかのように現れた新たなる敵。 平和と引き換えに大事な仲間達を失い、深い自責の念に心を閉ざしていたクラウドは、眼前に迫った避けようのない戦いを前に思い悩む。 「罪って許されるのか。」 長い葛藤の末、ついに戦いを決意するクラウド。 敵の目的は何なのか?なぜ人々が病に倒れるのか? 人知を超えた戦いの先に待ち受けていた真実とは──。

舞台は近未来。凶悪化する暴走族の犯罪が問題となり警察も武装化が進んでいた。特殊警察「M.F.P.（Main Force Patrol）」の所属警官マックス・ロカタンスキーはある日追跡中の暴走族ナイトライダーを追い詰め事故死させてしまう。これが元でトーカッター率いるグループのターゲットとして狙われてしまう。親友グースや家族までもを無残な殺され方をされ、全てを奪われたマックスの復讐が今始まる。

地中海を調査していた英国スパイ船「セント・ジョージ」が何者かが仕掛けた機雷によって沈没した。この船にはミサイルを自由に操って誘導できる装置、ATACが搭載されていた。それを知ったソ連はさっそくギリシャの組織にATACを手に入れるように依頼する。一方ボンドは政府にかわって調査していたハブロック博士が殺されたことによってギリシャへ飛ぶ。そこで博士の美しい娘メリナに接触し、彼女とともに調査を開始する。

ザフトに復帰したアスランは、FAITH(フェイス)としてミネルバに乗艦した。黒海沿岸でつかの間の休息をとっている中、シンはステラと偶然出会う。一方、アスランもミリアリアの助力で、キラやカガリと再会を果たすが…。PHASE-14〜28までで構成された「SEED DESTINY」再編集の第2弾！

イギリス諜報部MI6はロシア当局と合同で、ロシア国境における武器取引マーケットの調査を行っていた。侵入したボンドの撮影した映像から、大量の武器と日本人テロリストの磯倉聡やアメリカ人のテロリストのヘンリー・グプタをはじめとする危険人物が集まっていることを確認したMI6は、ロシア側の合意によりイギリス海軍艦艇からの巡航ミサイル攻撃を行う。ところが、市場の商品の中に核魚雷がある事が判明、ミサイルは母艦から距離が離れすぎていた為自爆電波が届かず、ボンドには退避命令が出される。だが、ボンドは命令を無視して核魚雷を搭載した戦闘機諸共確保して飛び去り、チェルノブイリ以上の核汚染は阻止された。しかし、この代償に会場にいた危険人物の1人、ヘンリー・グプタは逃走してしまう。

C.E.73。プラント「アーモリーワン」で、オーブの代表首長となったカガリとプラント最高評議会議長デュランダルとの極秘会談が行われようとしていた。そんな時、ザフトの新型ガンダム3機が、特殊部隊に強奪されてしまい…。PHASE-01〜13までで構成された「SEED DESTINY」再編集の第1弾！

ついにデュランダルがデスティニープランを発令した。キラとラクス、アスランら志を同じくする者達は決戦の地、宇宙へと向かう。そこで待ち受けるシンとレイ。人類の行く末と希望という名の未来をかけた戦いの結末は…!? PHASE-43〜50までで構成された「SEED DESTINY」再編集の完結編！

クレタ沖でのオーブ・地球連合の同盟軍との激戦を終えたミネルバ。己の無力に苛立つシンはステラを救うため、彼女を連れて艦を飛び出した。そして、ネオにステラを預け、別れるシン。だが、ステラは再び戦場に駆り出されてしまい…。PHASE-29〜42までで構成された「SEED DESTINY」再編集の第3弾！

ナノサイズになる人体探査機・ヒポクラテス号に乗り込んだジオとノウ博士。ところが小さくなった“ヒポ号”をピピがうっかりのみ込んだ…!?巨大な歯につぶされそうになりながら猛スピードでピピの体の中に流れ込んだ2人。胃から腸へと向かって脱出するつもりがトラブル続きで脱出不可能、絶体絶命の大ピンチ!!そして突然苦しみ出すピピの身に一体何が…！?ピピとの約束を果たすため、ジオは決死の行動に出る。「必ずピピを救って、サバイバルしてみせる！」

ネオ・ブリタニアに占領された日本。傭兵のロゼとアッシュの兄弟は日本人の抵抗勢力の要請を受け、戦いに身を投じていく。しかし弟ロゼにはある秘密があった。