De to unge fupmagere Miguel og Tulio har fuppet sig til Latinamerika, hvor de i byen Eldorado modtages som guder. Men de bliver til en lus mellem to negle i stridighederne mellem høvding Tannabok og medicinmanden Tzekel-Kan, statens kamp mod religionen. Heldigvis hjælper indianerpigen Chel dem. Imens er den legendariske indianerslagter Cortez og hans flåde også ved at finde Eldorado, hvilket kan vise sig at blive den største trussel af dem alle.

Zoey Miller, en supersmart computermajor, der ikke er interesseret i romantisk kærlighed, får vendt op og ned på sit liv, da Zack, skolens fodboldstjerne, får hukommelsestab og fejler Zoey som sin kæreste.

Løven Alex, zebraen Marty, giraffen Melman og flodhesten Gloria hygger sig på Madagascar. Da de får mulighed for smuttur hjem til New York, så de siger ja tak. De får nemlig flyvelejlighed med de tre pingviner, der i sin tid var skyld i, at de havnede på Madagascar. De fire venner kommer dog ikke længere end til Afrika, og her finder de ud af, at der findes andre giraffer, løver, zebraer og flodheste end dem.

Da de af forskellige grunde involveres i en lyssky taskeombytning, må de to unge Danny og Ellie tilbringe natten sammen, da aktionen mislykkes.